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Iron coli project

Consultation d'experts

Lors de ce projet, nous avons établi un contact avec différents experts de l'hémochromatose : des patients, des chercheurs spécialistes du métabolisme du fer et des cliniciens.

The scientific point of view

Gaël Nicolas

Professor Gaël Nicolas is a French scientist who is working on the regulation of hepcidin expression. He described in 2001 for the first time the role of this hormone in the regulation of iron homeostasis in mammals.
(See Gaël Nicolas resume for more information)

The meeting took place at Cochin Institut, on the 18 June 2013.


We first presented the aim of iGEM competition and iGEM Evry team to Gaël Nicolas. We mentioned the pluridisciplinary aspect of iGEM: biology, engineering, mathematic and informatic modelling and ethic and philosophic reflection on our project ; this aspect interested Dr. Nicolas very much.
We then described our experimental strategy to create a bacteria that can chelate iron: our goal is to design a bacteria that produces a massive amount of siderophores when iron from food arrives.
We then presented the different parts of modelling: bacterial growth of our bacteria, risks for patients, amount of absorbed chelated, modelling of the intestine.
Finally we discussed the use of microfluidics to study the ability of our bacteria to chelate iron.

Gaël Nicolas then focused on some points:

  • Naturally, there are not a lot of bacteria in the duodenum (only 10 to 100 bacteria for each gram of matter). But we underlined that could be an advantage for our project, and Dr. Nicolas agreed with us.
  • Incomplete penetrance (proportion of individuals carrying a particular variant of a gene which express an associated trait) with homozygote HFE C282Y mutation (responsible of more than 95% of genetic hemochromatosis). There is a 1:300 proportion of French population that have homozygote HFR C282Y mutation but all of them do not develop hemochromatosis, which reduces the proportion of people that could be interested by our treatment.
  • Thalassemia seems like more appropriate for the application of our project. Thalassemia is severe anemia due to a defect in hemoglobin’s globin (alpha or beta) production. There is a default of red cells production. The only way to treat this anemia is blood transfusion. But each transfusion also provides a huge amount of iron: 200 mg (as total iron in human body is between 3 and 5 grams, the mass of a nail!). After a dozen transfusions, patients develop a secondary iron overload also called secondary hemochromatosis (secondary to transfusion).
    Furthermore, their organisms “misinterpret” this anemia: anemia is perceived as a result of lack of iron. Hence, there is a repression of hepcidin hormone synthesis (which regulates negatively iron absorption in the intestines).
    The consequence is that there is a massive absorption of alimentary iron (10 to 20 times more than a healthy person). Due to this iron absorption, iron overload in blood is even more important, it is a vicious circle! This is really terrible since, because of their anemia, bloodletting is impossible!
    The only treatment to decrease this dangerous iron overload is the administration by perfusion of an iron chelator, 12 hours a day, 5 days a week; which is very difficult for patients. Oral iron chelator Exjade (Deferasirox) is very problematic because of the important side effects (e.g. renal failure). It is actively keep under surveillance by the French Agency for the Safety of Health Products (APFSAP). Iron chelator treatments are used during the whole life of thalassemia patients because most of them die of iron overload, more than from anemia. Thalassemia patients are people who have a very important disease and alternative treatment would be a good thing.
  • Gaël Nicolas also told us that heminic iron (from meat) is very important source of iron, we have to take that into account.
  • He finally reminded us to check affinities of aerobactin and enterobactin (two bacterial siderophors) for iron.


Nous avons eu ensuite une discussion ouverte, voici l'échange :
Q1: Quelle quantité de fer absorbe un patient hémochromatosique.
On considère que c'est 10 fois plus qu'une personne saine. Une alimentation équilibrée de type européenne apporte 20 milligrammes de fer mais seul 1 milligramme est absorbé. Dans l'hémochromatose on considère que cela peut monter à 10 milligrammes et même plus dans les cas les plus sévères.
Q2: Serait-il intéressant d'agir directement sur l'hormone hepcidine ?
Oui. Mais c'est peu "hors sujet" par rapport au projet proposé là à moins de trouver une bactérie qui agisse directement sur l'hepcidine (nous avons alors discuté du fait que l'hepcidine est aussi un peptide anti-microbien et que son expression est fortement augmentée lors d'une inflammation).
Q3: Serait-il intéressant de bloquer le fer sous sa forme Fe3+ dans la nourriture ?
Oui c'est une bonne idée. On peu aussi envisager une stratégie visant à inactiver l'une des protéines impliquées dans le transport du fer par les entérocytes du duodénum.
Q4: Quelle est l'affinité de la ferroportine [transporteur régulé par le fer qui transporte le fer des cellules intestinales au sang] pour le fer ?
On n'en a aucune idée ,sa structure 3D est inconnue. Presque 15 ans après sa découverte il existe encore une controverse pour savoir si son extrémité C-terminale est cytoplasmique ou à l'extérieure de la cellule.
Q5: Est ce qu'un modèle murin d'hémochromatose est disponible chez vous et est ce qu'on pourrait y avoir accès ?
Oui tout à fait. Cela ne me semble pas poser de problème.
Comment administrer la bactérie à la souris ?
Le plus simple est par gavage.
Q7: C'est un geste que vous maitrisez ?
Oui tout à fait.
Q8: Serait-il intéressant de modéliser l'homéostasie du fer des mammifères ?
Oui beaucoup. D'autant plus que c'est un domaine totalement inexploré. Je vous encourage à le faire ou à en parler.

Dr Nicolas gives us a review he made on iron homeostasis in mammals (mouse and human). The review is only available in french and was made for non-scientist, you can find it there (link of the pdf).
Gaël Nicolas then give us detail about french patient association and contacts. He also encourages us to contact Professor Pierre Brissot, who is a doctor and a researcher constantly in contact with patients.

Gaël Nicolas wished us to enjoy our project realization and that iGEM strengthen our scientific interest, and finally he wished us good luck for the competition.

The clinical point of view

Discussion avec le Professeur Pierre Brissot, un clinicien spécialiste

Pierre Brissot

Pierre Brissot est un Professeur universitaire et un practicien hospitalier au CHU de Pontchaillou à Rennes, il est le Responsable du Centre National de Référence des Surcharges en Fer Rares d’Origine Génétique et il est un des fondateurs de l'EFAPH (European Federation of Association of Patients with Haemochromatosis). Grâce à son expérience de clinicien, il a pu nous conseillé sur notre projet, notamment sur le diagnostic de la maladie et son traitement. Tout comme Gaël Nicolas, il a trouvé notre projet innovant et éventuellement réalisable. (Voir les ressentis du séminaire)

Contact avec des présidents d'associations de patients

RDV 04/09/2013

Hervé Ségalen est le président de l'AHP (Association Hemochromatose Paris île de France) que nous avons contacté en juillet. Il a corrigé notre questionnaire afin de le rendre compréhensible par les patients atteints d'hémochromatose, et nous a donné son avis de patients sur notre projet. Il a aussi transmis notre questionnaire aux patients de l'AHP.

Brigitte Pineau est la présidente de la FFAMH (Fédération Française des Associations de Malades de l'Hémochromatose). Elle a aussi transmis notre questionnaire aux patients, tout comme le professeur Henri Michel, président de l'AHF (Association Hémochromatose France). Le 4 septembre, nous avons rencontré Brigitte Pineau et Hervé Ségalen afin de préparer le séminaire qu'on a organisé le 18 septembre et de leur expliquer notre projet plus en détail.