Modèle 2

Aperçu

Ce modèle se place à l'échelle d'une bactérie. Nous considérons l'activité de chaque bactéries. L’environnement est le duodénum. La bactérie produit des sidérophores qui chélatent le fer. Le fer arrive dans l'environnement par impulsion chaque seconde. L'impulsion est constante. Le fer est réduit par l'organisme et l'absorption bactérienne. D'après nos hypothèses, il n'y a pas d'auto régulation du fer. Et les variations de fer absorbé est proportionnel à la quantité de fer.

Hypothèses

La durée d'étude du modèle est de 40 secondes. C'est le temps recquis pour le chyme pour traverser le duodénum.
La quantité de bactérie est constante du fait de l'échelle de temps très courte.
L'absorption naturel du fer par la bactérie est négligeable par rapport à la chélation du fait de la surproduction des sidérophores.

Description du Modèle

Bactérie

Une bactérie produit des sidérophores. Cette production est naturellement régulé par un répresseur et surexprimé par un activateur :

Les activateurs:
Le répresseur:

Le répresseur et l'activateur sont réguler selon des seuils. Pour le répresseur, si la quantité de fer est inférieur au seuil, la bactérie est en famine; il n'y a donc pas de répression. La production dans ce cas est modélisé par une exponentielle négative. L'activateur a le même comportement, si la quantité de fer est supérieur au seuil, la production de sidérophore est activée. La production est dans ce cas modélisé par une exponentielle positive. Le choix de la fonction exponentielle est arbitraire. Du fait du comportement stochastique des bactérie au sein de la population, nous avons ajouté un bruit gaussien au seuil.

Sidérophore

Dans cette approche, nous considérons qu'une mol de sidérophore chélate une mol de fer. Et un sidérophore ne peut chélater qu'un seul atome de fer.

Nous avons simuler la probabilité de rencontre par une probabilité uniforme entre 0 et 1. Si la probabilité de rencontre est plus faible que le rapport entre la quantité de fer dans l'environnement et la quantité de fer optimale pour la chélation, les sidérophores peuvent chélater le fer.

Resultats

Conclusion

Références:

Team:Evry/Model2/vf

From 2013.igem.org