http://2013.igem.org/wiki/index.php?title=Special:Contributions/TheFlash&feed=atom&limit=50&target=TheFlash&year=&month=2013.igem.org - User contributions [en]2024-03-29T12:11:56ZFrom 2013.igem.orgMediaWiki 1.16.5http://2013.igem.org/Template:Team:Edinburgh/Home_side_menuTemplate:Team:Edinburgh/Home side menu2013-10-05T02:24:49Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div><div id="side_menu" > <br />
<ul id="side_menu_items"><br />
<li class="home_side_menu_item" > [[Team:Edinburgh|Home]]<br />
<li class="home_side_menu_item" > [[Team:Edinburgh/Introduction|Project Description]] <span class="right"> [[File:expand_arrow.png|link=]]</span><br />
<ul class="side_submenu"><br />
<li class="home_side_menu_item home_side_menu_subitem"> [[Team:Edinburgh/Introduction/Metal_promoters|Metal promoters]] </li><br />
<li class="home_side_menu_item home_side_menu_subitem"> [[Team:Edinburgh/Introduction/Metal_binding|Metal binding]] </li><br />
<li class="home_side_menu_item home_side_menu_subitem"> [[Team:Edinburgh/Introduction/Bioethanol|Bioethanol]] </li><br />
<li class="home_side_menu_item home_side_menu_subitem"> [[Team:Edinburgh/Introduction/Aggregation|Aggregation]] </li><br />
</ul><br />
</li><br />
<li class="home_side_menu_item" > [[Team:Edinburgh/Collaboration|Collaboration]]</li><br />
<li class="home_side_menu_item" > [[Team:Edinburgh/Safety|Safety]]<br />
<li class="home_side_menu_item" > [[Team:Edinburgh/Attributions|Attributions]] </li><br />
</ul><br />
<br />
<div class="gallery"><br />
[[File:Team_in_the_lab.jpg|200px|link=]]<br />
<br />
[[File:TeamPhoto.png|200px|link=]]<br />
<br />
[[File:Restaurant.png|200px|link=]]<br />
<br />
[[File:JanInLab.png|200px|link=]]<br />
<br />
[[File:HarryInLab.png|200px|link=]]<br />
<br />
[[File:Viles.png|200px|link=]]<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div class="social"><br />
<h3 style="margin-bottom: -10px; font-size: 100%"> Social channels </h3><br />
Follow us on <br />
<br />
[[File:edi_facebook_logo.png|30px|link=http://www.facebook.com/Edigem2013]] [http://www.facebook.com/Edigem2013 | Facebook] and <br />
<br />
[[File:edi_twitter_logo.png|30px|link=http://twitter.com/EdiGEM2013]] [http://twitter.com/EdiGEM2013 | Twitter]!<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div style="margin-bottom: -10px; margin-top: 30px; text-align: center"> <br />
<h3 style="margin-bottom: -10px;"> PDF project report </h3>[[File:Pdf_download.png|50px|link=https://static.igem.org/mediawiki/2013/a/a4/Edinburgh_2013_Project_Summary.pdf]] </div><br />
<br />
<div class="counter"><br />
<h3 style="margin-bottom: -10px;"> Web counter </h3><br />
<html><br />
<!-- hitwebcounter Code START --><br />
<img src="http://hitwebcounter.com/counter/counter.php?page=5094743&style=0006&nbdigits=3&type=page&initCount=0" Alt="" border="0" ><br />
<br/><br />
<br />
</div><br />
<br />
</html><br />
<br />
</div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-05T02:24:20Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather, textile, and whisky industry waste waters, which contain toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we engineered organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, which based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。 以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
<h3> To download our project report, click the hairy coo!</h3><br />
<br />
[[Image:Hairy_coo.jpg|600px|center|link=https://static.igem.org/mediawiki/2013/a/a4/Edinburgh_2013_Project_Summary.pdf]]<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Edinburgh_2013_Project_Summary.pdfFile:Edinburgh 2013 Project Summary.pdf2013-10-05T02:23:39Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-05T02:05:02Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather, textile, and whisky industry waste waters, which contain toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we engineered organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, which based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。 以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
<h3> To download our project report, click the hairy coo!</h3><br />
<br />
[[Image:Hairy_coo.jpg|600px|center|link=https://static.igem.org/mediawiki/2013/8/8e/Edinburgh_2013_Project_Report.pdf]]<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Edinburgh_2013_Project_Report.pdfFile:Edinburgh 2013 Project Report.pdf2013-10-05T02:04:38Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Summary_of_work.pdfFile:Summary of work.pdf2013-10-05T00:45:34Z<p>TheFlash: uploaded a new version of &quot;File:Summary of work.pdf&quot;</p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Introduction/Metal_promotersTeam:Edinburgh/Introduction/Metal promoters2013-10-04T23:34:44Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<h3>Fur transcription factor and the fur box </h3><br />
<br />
<br />
In <i>Bacillus subtilis</i>, iron recognition is achieved via the Ferric Uptake Regulator (Fur). Fur normally forms a dimer and interacts with a specific operator named the fur box to repress genes further down-stream. At high intra-cellular iron concentrations, Fur binds to iron to form a holo-repressor and then binds to the fur box and represses gene transcription. Genes controlled by the fur box usually code for iron binding proteins and gate mechanisms within the cell (about 40 genes are controlled by the fur box). In the absence of significant iron levels, the apo-repressor Fur does not bind to the fur box and the relevant genes can be coded for. <br />
<br />
<br />
There are two iron binding site per Fur, so 4 overall sites overall in the dimer. (Pohl et al., 2003) The upper binding site (S2) regularly has a zinc ion for structural integrity. The lower binding site (S1) typically has a zinc ion, which is replaced by iron when the intracellular iron concentration rises (figure 1). <br />
<br />
<br />
<br />
[[File:fur.jpg.png]] <br />
<br />
'' '''Figure 1.''' ''(Pohl et al., 2003). The Fur dimer crystal structure bound to 4 zinc ions (red spheres). The two upper zinc ion are for structural integrity, the two lower zinc ions are for iron capture (replaced by iron when concentrations are high enough).<br />
<br />
<br />
The fur box pattern that is conserved in all different fur boxes is the palindromic sequence: TGATAAT-N-ATTATCA (N being any base). Most fur boxes are 19 to 21 base pairs and always contain this 7-1-7 palyndromic sequence. Different theories exist as to how the Fur dimer binds to the fur box. The classical model states that a Fur dimer binds to one fur box and represses the downstream gene. Another states that the hexameric GATAAT pattern is recognized by three different fur dimers (Fuangthong and Helmann, 2003). The most recent one posits that the minimal binding site for the Fur dimer is TGATAAT-N-ATTATCA and that most fur boxes contain two repeats of this pattern, such as TGATAATGATAATCATTATCA (figure 2). <br />
<br />
<br />
<br />
[[File:Boii.png]]<br />
<br />
'' '''Figure 2.''' '' The most recent study (Baichoo and Helmann, 2002) suggest most fur boxes have two overlapping palindromic sequence and two fur dimers bind.<br />
<br />
<br />
<br />
We decided to assess the minimal binding site for the fur box to work (TGATAAT-N-ATTATCA) in a synthetic construct and assay the effect of iron on a fluorescent protein located downstream.<br />
<br />
<br />
<br />
<h2>References </h2><br />
<br />
Baichoo, N. and Helmann, J. (2002) Recognition of DNA by Fur: a Reinterpretation of the Fur Box Consensus Sequence. Jour. of Bacter. 184, 5826-5832.<br />
<br />
Fuangthong, M. and Helmann J. (2003) Recognition of DNA by Three Ferric Uptake Regulator Homologs in Bacillus Subtilis. Jour. of Bacter. 185, 6348-6357.<br />
<br />
Pohl, E., Haller, J., Mijovilovich, A., Meyer-Klaucke, W., Garman, E. and Vasil, M. (2003) Architecture of a protein central to iron homeostasis: crystal structure and spectroscopic analysis of the ferric uptake regulator. Mol. Micr. 47 (4), 903-915.<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/ProjectTeam:Edinburgh/Project2013-10-04T23:18:50Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Project_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3> Results summary </h3><br />
[[File:team_in_the_lab.jpg|450px|right]]<br />
<br />
* '''We tested [[Team:Edinburgh/Project/Results/Chassis |the growth]] of our experimental strain, <i>Bacillus subtilis 168</i>, under various conditions relevant to the work we are going to perform.'''<br />
<br />
<br />
* '''We tested the Kanamycin resistance conferred by [[Team:Edinburgh/Project/Results/Chassis#vector | pTG262]] in <i>B.subtilis</i> and <i>E.coli</i>. <br />
<br />
<br />
* '''We created an assembly to demonstrate that [[Team:Edinburgh/Project/Results/Metal promoters Results | Fur box]] is able to repress gene expression upon exposure to high iron concentrations.'''<br />
<br />
<br />
* '''We cloned out and characterised a [[Team:Edinburgh/Project/Results/Metal promoters Results#Fur | Fur transcription factor]].'''<br />
<br />
<br />
* '''We cloned a Neisserial Ferric binding protein A ([[Team:Edinburgh/Project/Results/Metal binding Results|FbpA]) as a BioBrick.'''<br />
<br />
<br />
* '''We generated a [[https://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Project/Results/Bioethanol_Results|fusion]] of Pyruvate decarboxylase (Pdc) and Alcohol dehydrogense B (AdhB). We characterised it thoroughly and demonstrated that such co-localisation can increase ethanol production at least twofold.''' <br />
<br />
<br />
* '''We cloned [[Team:Edinburgh/Project/Results/Aggregation Results|SinR]] and analysed biofilm formation in WT <i>B.subtilis</i>.'''<br />
<br />
<br />
* '''We had a great summer, and plan to have fun at the Regional Jamboree.'''<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/ProjectTeam:Edinburgh/Project2013-10-04T23:18:33Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Project_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<br />
<br />
<h3> Results summary </h3><br />
[[File:team_in_the_lab.jpg|450px|right]]<br />
<br />
* '''We tested [[Team:Edinburgh/Project/Results/Chassis |the growth]] of our experimental strain, <i>Bacillus subtilis 168</i>, under various conditions relevant to the work we are going to perform.'''<br />
<br />
<br />
* '''We tested the Kanamycin resistance conferred by [[Team:Edinburgh/Project/Results/Chassis#vector | pTG262]] in <i>B.subtilis</i> and <i>E.coli</i>. <br />
<br />
<br />
* '''We created an assembly to demonstrate that [[Team:Edinburgh/Project/Results/Metal promoters Results | Fur box]] is able to repress gene expression upon exposure to high iron concentrations.'''<br />
<br />
<br />
* '''We cloned out and characterised a [[Team:Edinburgh/Project/Results/Metal promoters Results#Fur | Fur transcription factor]].'''<br />
<br />
<br />
* '''We cloned a Neisserial Ferric binding protein A ([[Team:Edinburgh/Project/Results/Metal binding Results|FbpA]) as a BioBrick.'''<br />
<br />
<br />
* '''We generated a [[https://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Project/Results/Bioethanol_Results|fusion]] of Pyruvate decarboxylase (Pdc) and Alcohol dehydrogense B (AdhB). We characterised it thoroughly and demonstrated that such co-localisation can increase ethanol production at least twofold.''' <br />
<br />
<br />
* '''We cloned [[Team:Edinburgh/Project/Results/Aggregation Results|SinR]] and analysed biofilm formation in WT <i>B.subtilis</i>.'''<br />
<br />
<br />
* '''We had a great summer, and plan to have fun at the Regional Jamboree.'''<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/The_TeamThe Team2013-10-04T23:09:21Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Team_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3> Team summary </h3><br />
'''The Edinburgh iGEM 2013 team consists of 9 student members (6 biologists, an engineer, an informatician and an artist), 6 instructors and 6 advisors. We would like to thank our supervisors, who had immense impact on all aspects of our project and the advisors who had to withstand our questions in the lab. Working together was a fabulous experience, which we all greatly enjoyed.'''<br />
<br />
[[File:EdiGEM_team.png|700px|link=]]<br />
<br />
<br />
[[File:Edi_team_map.png|700px|link=]]<br />
<br />
<div id="profiles"><br />
<h3>Student members </h3><br />
<br />
{|cellspacing="5" class="members_table" style="border-collapse: separate;" border="3" cellpadding="5"<br />
|-<br />
| [[File:Aleksandra_Lewicka.png|150px]]<br />
|style="background-color:#fbc089"| ''' Aleksandra Lewicka''' <br />
Biotechnology student from Poland, starting her final year in 2013. Apart from working in the lab, she’s the heart and soul of our human practices. In her scarce free time, she enjoys playing Starcraft and other complex video games. Favourite song is ''[http://www.youtube.com/watch?v=qHqTTSjWBvg|"Maszynka do świerkania"]'' by Czesław Mozil.<br />
<br />
|- <br />
| [[File:Christiana_Pashkuleva.png|150px]]<br />
|style="background-color:#b5d4f3 "| ''' Christiana Pashkuleva''' <br />
Computer Science student from Bulgaria, starting her PhD in Informatics in 2013. She also doesn’t mind helping out and getting her hands wet in the lab. Favourite quote “I don’t know, but I can try!” Favourite song is ''[http://www.youtube.com/watch?v=MrPeLp7BLE0|"Horchat Hai Caliptus"]'' by Ishtar.<br />
<br />
|-<br />
|[[File:Dainius_Tautvaišas.png|150px]]<br />
|style="background-color:#acd8a6"| ''' Dainius Tautvaišas '''<br />
Biotechnology student from Lithuania, starting his final year in 2013. Sacrificed his career as an Ambercombie & Fitch model to become a scientist. His favourite quote is “No problem” [pronounce: /но проблем/]. His favourite music is [http://snd.sc/18lRjUD| deep-house] and [http://www.youtube.com/watch?v=KC5YcwyKz2A| old tunes] from classic Russian movies.<br />
<br />
|-<br />
|[[File:Gavin Blackhurst.png|150px]]<br />
|style="background-color:#fbc089"|''' Gavin Blackhurst'''<br />
Fine Arts student from Scotland, starting his 4th year in 2013. Has the best and most interesting fashion sense in the group. He presents himself as a man of leisure who enjoys long walks, good food and classical music. Favourite song is ''[http://www.youtube.com/watch?v=d2uE4P3P5sI| “San Francisco”]'' by Global Deejays. WLTM tall blonde with similar interests and GSOH.<br />
<br />
|-<br />
|[[File:Harry_Thornton.png|150px]]<br />
|style="background-color:#b5d4f3 "| '''Harry Thornton'''<br />
Genetics student from England, starting his final year in 2013. Coincidentally, he is the most tenacious tea drinker in the group, who enjoys privacy.<br />
<br />
|-<br />
|[[File:Hugo_Villanueva.png|150px]]<br />
|style="background-color:#acd8a6"|'''Hugo Villanueva'''<br />
Biotechnology student from France, starting his final year in 2013. Hugo’s favourite quotation is “YOLO” and favourite songs are ''[http://www.youtube.com/watch?v=b-t5vByIxx4|"Rampin’ shop"]'' by Vybz Kartel and ''[http://www.youtube.com/watch?v=Gs069dndIYk| “September”]'' by Earth, Wind and Fire. <br />
<br />
|-<br />
|[[File:Jan_Łyczakowski.png|150px]]<br />
|style="background-color:#fbc089"|'''Jan Łyczakowski'''<br />
Biotechnology student from Poland, starting his final year in 2013. The most hardworking and ambitious member. Favourite quotations are “I have to check” and “Nie nie nie” [English = nah nah nah]. His favourite song is ''[http://www.youtube.com/watch?v=uPuKoqu6kMk| “Viva Las Vegas”]'' by the one and only Elvis Presley.<br />
<br />
|-<br />
|[[File:Kyle.PNG|150px]]<br />
|style="background-color:#b5d4f3 "|''' Kyle Rothschild-Mancinelli'''<br />
Molecular Biology student from the USA, starting his final year in 2013. Biggest fan of celery and humus in the group and his favourite desert is [http://2.bp.blogspot.com/_vP-J86C5NKY/TBBoLNZnHPI/AAAAAAAAFsQ/pTeOJh-7UbM/s1600/ants+on+a+log.jpg| ants on a log]. Top quote “Hmm, can I get back to you?” Changed from playing saxophone to bagpipes, because that attracts more ladies. Fact. Favourite song ''[http://www.youtube.com/watch?v=Ee_uujKuJMI| “American Idiot”]'' by Green Day<br />
<br />
|-<br />
|[[File:Weike_Xiao.png|150px]]<br />
|style="background-color:#acd8a6"|''' Weike Xiao'''<br />
Engineering student from China, starting his PhD in Engineering and Electronics in 2013. His preferred second name is Rick and favourite quote is “Lovely!” His favourite song is an all-time classic Nursery Rhyme ''[http://www.youtube.com/watch?v=vTvNwAT29Lo| “London Bridge is Falling Down”]'' that always cheers him up!<br />
<br />
|}<br />
</div><br />
<br />
<br />
<div id="advisors"><br />
<br />
<h3> Instructors: </h3><br />
<br />
*'''Dr Chris French''' <br />
*'''Prof. Vincent Danos''' <br />
*'''Dr Louise Horsfall''' <br />
*'''Prof. Alistair Elfick''' <br />
*'''Dr Jane Calvert''' <br />
*'''Justinas Šlikas''' <br />
<br />
<h3> Advisors: </h3><br />
<br />
*'''Dr David Radford'''<br />
*'''Dr Jon Marles-Wright'''<br />
*'''Lina Gasiūnaitė''' <br />
*'''Eugene Fletcher'''<br />
*'''Dr Maryia Trubitsyna'''<br />
*'''Dr Emma Frow'''<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Modeling/Engineering_modelTeam:Edinburgh/Modeling/Engineering model2013-10-04T22:58:36Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team_Edinburgh/Modelling_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3> Engineering Model</h3><br />
[[File:wtreatdiag.jpg|660px|center]]<br />
<br />
'''Notes for design flow chart'''<br />
<br />
GMO (green), genetically modified bacillus subtilis (Optimised Bacillus), able to ferment organic components to produce biofuels<br />
GMO (red), genetically modified bacillus subtilis (Optimised Bacillus), able to capture ions using chelators and metal binding proteins.<br />
<br />
<br />
== Design ==<br />
Based on the functions of our GMO model, Optimised Bacillus (referred as OB), we designed an industrial wastewater treatment system, as demonstrated by the figure above. The system is divided into four sections: pre-settling; biofilm formation and filtration; reverse osmosis sections and ethanol conversion. The four sections will be able to capture toxic metal ions, produce biomass from organic waste and purify the water to a safe level for irrigation or drinking. <br />
<br />
<br />
== Pre-settling ==<br />
In the pre-settling section, the untreated waste water will be fed into a parallel plate separator. As we can see from the schematic of the separator, insoluble organic waste such as oil and grease will be collected at the surface of the water by a skimming device, which is connected to the ethanol conversion section for biofilm production. Most, not necessarily all, insoluble and suspended solids will either go down to the bottom of the tank or up to the surface of the water, and will be collected by a scraper when they accumulate. There should be only inorganic waste (metal ions), colloids, microorganisms, and soluble organic waste like sugars left in the waste water.<br />
<br />
[[File:wtreatdiag2.jpg|center]]<br />
<br />
<br />
== Biofilm Formation and Filtration ==<br />
In the first stage of this section, the pre-settled water will be forced through an ultrafiltration membrane by pressure supplied by the system. The membrane filter acts as a molecular sieve (pore size 0.01~0.1µm) to stop colloids and microorganisms (which may consume nutrient and oxygen supplements for the OB) from going into the next stage. Suspended solids that are not removed in the pre-settling section will be completely eliminated from the water.<br />
The heavy metal ions in the filtrate will be detected by the genetically modified organism, Optimised Bacillus. With supplementary oxygen and nutrients, the OBs will then produce a metal binding protein to capture the metal ion. A biofilm will aggregate the OBs along with the binding protein. The biofilm has a rapidly increasing molecular weight and will soon become big enough (to a visible level) to be retained by a filtration membrane.<br />
The method of metal ion capture is similar to an existing study. According to the paper published by Katarina Trivunac et al. in 2006, the removal of Cd2+ and Zn2+ was more than 95% and 99% by using water-soluble macroligands to bind metal ions (increase molecular weight) and collect the loaded agent with an ultrafiltration membrane.<br />
<br />
<br />
== Reverse Osmosis ==<br />
The reverse osmosis (see previous chapter for how the RO works) section is used to recover the sugar (e.g. glucose) from the output from biofilm formation and filtration section. By applying a pressure (higher than the one required in ultrafiltration) to the sugar solution, a highly concentrated sugar solution can be produced. At the same time, the waste water is fully treated, achieving a high purity.<br />
Since the reverse osmosis process requires a high pressure (high energy consumption) and gives a low water flow rate (low productivity of clear water), the reverse osmosis section will only be activated when the concentration of sugar in the feeding water is high enough, following treatment in the biofilm formation and filtration section. The actual sugar level required to trigger the purification process should be tested after development of the system and the Optimized Bacillus.<br />
<br />
<br />
== Ethanol Conversion ==<br />
Along with the concentrated sugar solution (if there is any), the insoluble organic waste extracted from the pre-settling section will be fed into the ethanol conversion section. With oxygen supplementation, fermentation of sugars and organic waste will be enabled, efficiently producing ethanol. Procedures to separate ethanol from the cells and organic waste, in order to obtain high purity of ethanol at the output of the system, have not yet been decided. Another ultrafiltration membrane is preferred. The mixed liquid after the fermentation (ideally only OBs and ethanol) will be delivered to an ultrafiltration container, where OBs will be filtered and ethanol of high purity will be produced. Since it will be a non-continuous process, the section will require more deliberate design to improve the performance and biomass production.<br />
<br />
<br />
<h3> Evaluation</h3> <br />
== Viability of the model ==<br />
One may question the viability or reliability of the system model described above, which involves microorganism and filter membrane etc., and also requires oxygen and pressure supply. However, reliable systems with all these elements implemented have been widely used for sewage and industrial wastewater treatment.<br />
<br />
[[File:Engineering_Evaluation1.png]]<br />
<br />
Activated sludge (aerobic treatment system) is a process for reducing organic waste in sewage and industrial wastewater by supplying sufficient amount of oxygen or air to an aerobic organism. The organism, which in healthy sludge is a brown floc, is largely composed of saprotrophic bacteria but also has an important protozoan flora (including amoebae and Spirotrichs etc.). The organisms consume organic wastes and oxygen to produce a floc, which will settle and be collected afterwards in a settler (see schematic above). <br />
<br />
== Schematic of Membrane Bioreactor ==<br />
<br />
[[File:Engineering_Evaluation2.png]]<br />
<br />
A membrane bioreactor can be introduced to reduce the space required for activated sludge devices, as demonstrated in the schematic above. All biological reactions are contained between two ultrafiltration membranes, which effectively separate organisms and floc from treated water and remove a settler from the system.<br />
The biofilm formation and filtration section will have a similar design layout as the membrane bioreactor. By introducing input pipes to deliver nutrient to the reaction container, the system should be capable of maintaining the biofilm formation for removal of metal ions. A reliable metal ion detection and elimination system proposed in the previous chapter is therefore considered achievable.<br />
Similarly, a reliable system model can also be developed for ethanol conversion section, with modifications on the membrane bioreactor.<br />
<br />
== Market prospect of metal ion capturing GMO ==<br />
Among existing water purification technologies that is capable of removing metal ion from wastewater, electodeionization is considered to be a more cost-effective (lower cost and higher purity) method than distillation. Reverse osmosis, on the other hand, is usually included as a pre-purification procedure in commercial treatment system. (See URL link: http://www.labcompare.com/10-Featured-Articles/18907-RO-EDI-The-Preferred-Water-Purification-Technology-for-Food-and-Beverage-Laboratories/). <br />
<br />
[[File:Engineering_Evaluation3.png|700px]]<br />
<br />
When comes to the comparison between electodeionization and metal ion capturing GMO, there is not experimental data available to compare the performance of the two methods. However, the Optimized Bacillus has an obvious advantage over the electodeionization basing on current level of knowledge. According to the design pathway of genetic modification, the OB is capable of detecting specific metals ion and then capturing them using chelator and metal binding protein. <br />
The OB is hence able remove one specific type of metal ion from the wastewater under ideal circumstances. This function will be very helpful when there is a small amount of metal ions (e.g. Cd2+ and Pb2+) mixed in one type of metal ion (e.g. large amount of Zn2+). The OBs can remove Cd2+ and Pb2+, producing a highly pure Zn2+ solution, which can then be recycled. Metal ions cannot be separated from each other when using electodeionization.<br />
Therefore, it is believed that purification technology basing on Optimized Bacillus for metal capture will gain market share in wastewater treatment systems which aims to recycle high purity of some specific type of metal ion, or small treatment module developed to be implemented in large treatment system which enables the system to remove some type of metal ion (for example, highly toxic element As) from the concentrated metal ion solution.<br />
<br />
<h3>References</h3><br />
1.European Commission. 2002. Heavy metal in waste.<br />
<br />
2.Duruibe, J. O., Ogwuegbu, M. O. C. and Egwurugwu, J. N. 2007. Heavy metal pollution and human biotoxic effects. International Journal of Physical Sciences.<br />
<br />
3.World Health Organization. 2006. Guideline for drinking-water quality.<br />
<br />
4.RSD®. Purification technologies. URL: http://www.ro-di.com/en/chjs.asp<br />
<br />
5.HERCO. treatment. URL: http://herco-wt.de/index.php/en/methods.html<br />
<br />
6.Crescenzi G., Norris M. RO/EDI: The Preferred Water Purification Technology for Food and Beverage Laboratories. URL: http://www.labcompare.com/10-Featured-Articles/18907-RO-EDI-The-Preferred-Water-Purification-Technology-for-Food-and-Beverage-Laboratories/<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T22:28:36Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===To download our project report, click the hairy coo!===<br />
[[Image:Hairy_coo.jpg|600px|center|link=https://static.igem.org/mediawiki/2013/0/03/Summary_of_work.pdf]]<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Human_Practices/OutreachTeam:Edinburgh/Human Practices/Outreach2013-10-04T22:03:09Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team_Edinburgh/HA_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3>'''Outreach'''</h3><br />
<br />
<br />
'''SeMPowisko: an interdisciplinary student conference in Krakow, Poland.'''<br />
<br />
25-26 May, 2013<br />
<br />
<br />
Held in Jagiellonian University, Krakow for the 3rd consecutive year and organized by the Society of Mathematics and Natural Sciences, the SeMPowisko conference attracts university students, graduates and academics and focuses on emerging interdisciplinary sciences. Jan and Aleksandra gave a presentation called “Synthetic Biology: genetic engineering on steroids or something more?” discussing the technological and ideological background of Synthetic Biology. The summary of the talk will be available in a post-conference publication for a wider audience (ISBN: 978-83-7269-372-3).<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach1.png|320px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''YSB1.0 conference. aka iGEM UK meetup in London.'''<br />
<br />
12-14 July<br />
<br />
<br />
We participated in the annual UK iGEM team meetup where we gave 15 other teams a presentation about our plans and preliminary results and also had our poster on display. We also received pretty cool workshops about finding new biotech companies, performing computer modelling, etc.<br />
<br />
[[File:Outreachysb1.jpg|310px|left]]<br />
[[File:Outreachysb2.jpg|320px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Young Researchers’ Summer Camp (LJMS 2013) in Lithuania.'''<br />
<br />
21-25 August, 2013<br />
<br />
<br />
The Young Researchers’ Summer Camp is an annual, government organized, conference styled summer camp for exceptional high school pupils, where they receive presentations and workshops by guest lecturers from various fields of study. They also have to perform quirky science experiments and present their findings. But also, students are housed next to a National Park and may spend their free time swimming in lakes, picking berries or playing volleyball.<br />
<br />
Dainius assisted in managing LJMS and also visited the summer camp for 3 days. He gave a fun presentation of Synthetic Biology, iGEM and best and most interesting past year projects. Staying for several days allowed shyer students to ask their questions as well, giving Dainius’ presentation a 100% student satisfaction rating.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach2.png|325px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach3.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
'''Career talks at the Edinburgh University Lithuanian Society.'''<br />
<br />
27 September, 2013<br />
<br />
<br />
Organized for the 3rd consecutive year, this event attracts around 30 Lithuanian students from various disciplines and is a great opportunity to share and gain experience, useful contacts and application information. The majority of career events in Edinburgh University are dominated by the business and law sectors, therefore Dainius’ presentation, introducing Synthetic Biology and iGEM to this audience, was a great way of attracting the attention of humanities students and may provide useful if they want to join EdiGEM next year or in the future, once they become lawmakers. This is particularly relevant in the EU, where government policies are very strict towards the applications of Genetic Engineering.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach7.png|310px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach6.png|310px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Freshers’ Week presentation together with the Edinburgh University Synthetic Biology Society.'''<br />
<br />
13 Friday, 2013<br />
<br />
<br />
Freshers’ Week is the best opportunity to attract the wider audience while students are open to more ideas than during the rest of the academic year. We cooperated with the Synthetic Biology society to present iGEM to the fresher community, some of which will hopefully grow to become future EdiGEM members!<br />
<br />
<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach4.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach5.png|300px|center]]<br />
<br />
<html><iframe class="outreachvideo" width="420" height="315" src="//www.youtube.com/embed/t7wQX_EFrdY?rel=0" frameborder="0" allowfullscreen></iframe></html><br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Human_Practices/OutreachTeam:Edinburgh/Human Practices/Outreach2013-10-04T22:02:51Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team_Edinburgh/HA_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3>'''Outreach'''</h3><br />
<br />
<br />
'''SeMPowisko: an interdisciplinary student conference in Krakow, Poland.'''<br />
<br />
25-26 May, 2013<br />
<br />
<br />
Held in Jagiellonian University, Krakow for the 3rd consecutive year and organized by the Society of Mathematics and Natural Sciences, the SeMPowisko conference attracts university students, graduates and academics and focuses on emerging interdisciplinary sciences. Jan and Aleksandra gave a presentation called “Synthetic Biology: genetic engineering on steroids or something more?” discussing the technological and ideological background of Synthetic Biology. The summary of the talk will be available in a post-conference publication for a wider audience (ISBN: 978-83-7269-372-3).<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach1.png|320px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''YSB1.0 conference. aka iGEM UK meetup in London.'''<br />
<br />
12-14 July<br />
<br />
<br />
We participated in the annual UK iGEM team meetup where we gave 15 other teams a presentation about our plans and preliminary results and also had our poster on display. We also received pretty cool workshops about finding new biotech companies, performing computer modelling, etc.<br />
<br />
[[File:Outreachysb1.jpg|310px|left]]<br />
[[File:Outreachysb2.jpg|320px|center]]<br />
<br />
<br />
<html><iframe class="outreachvideo" width="420" height="315" src="//www.youtube.com/embed/t7wQX_EFrdY?rel=0" frameborder="0" allowfullscreen></iframe></html><br />
<br />
'''Young Researchers’ Summer Camp (LJMS 2013) in Lithuania.'''<br />
<br />
21-25 August, 2013<br />
<br />
<br />
The Young Researchers’ Summer Camp is an annual, government organized, conference styled summer camp for exceptional high school pupils, where they receive presentations and workshops by guest lecturers from various fields of study. They also have to perform quirky science experiments and present their findings. But also, students are housed next to a National Park and may spend their free time swimming in lakes, picking berries or playing volleyball.<br />
<br />
Dainius assisted in managing LJMS and also visited the summer camp for 3 days. He gave a fun presentation of Synthetic Biology, iGEM and best and most interesting past year projects. Staying for several days allowed shyer students to ask their questions as well, giving Dainius’ presentation a 100% student satisfaction rating.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach2.png|325px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach3.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
'''Career talks at the Edinburgh University Lithuanian Society.'''<br />
<br />
27 September, 2013<br />
<br />
<br />
Organized for the 3rd consecutive year, this event attracts around 30 Lithuanian students from various disciplines and is a great opportunity to share and gain experience, useful contacts and application information. The majority of career events in Edinburgh University are dominated by the business and law sectors, therefore Dainius’ presentation, introducing Synthetic Biology and iGEM to this audience, was a great way of attracting the attention of humanities students and may provide useful if they want to join EdiGEM next year or in the future, once they become lawmakers. This is particularly relevant in the EU, where government policies are very strict towards the applications of Genetic Engineering.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach7.png|310px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach6.png|310px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Freshers’ Week presentation together with the Edinburgh University Synthetic Biology Society.'''<br />
<br />
13 Friday, 2013<br />
<br />
<br />
Freshers’ Week is the best opportunity to attract the wider audience while students are open to more ideas than during the rest of the academic year. We cooperated with the Synthetic Biology society to present iGEM to the fresher community, some of which will hopefully grow to become future EdiGEM members!<br />
<br />
<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach4.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach5.png|300px|center]]<br />
<br />
<html><iframe class="outreachvideo" width="420" height="315" src="//www.youtube.com/embed/t7wQX_EFrdY?rel=0" frameborder="0" allowfullscreen></iframe></html><br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T22:01:00Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===To download our project report PDF, click the hairy coo!===<br />
[[Image:Hairy_coo.jpg|600px|center|link=https://static.igem.org/mediawiki/2013/0/03/Summary_of_work.pdf]]<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T22:00:35Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===To download our project report, click the hairy coo!===<br />
[[Image:Hairy_coo.jpg|600px|center|link=https://static.igem.org/mediawiki/2013/0/03/Summary_of_work.pdf]]<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T21:57:49Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===To download the PDF report of our project, click the hairy coo!===<br />
[[Image:Hairy_coo.jpg|600px|center|link=https://static.igem.org/mediawiki/2013/0/03/Summary_of_work.pdf]]<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T21:57:28Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===<h4>To download the PDF report of our project, click the hairy coo!</h4>===<br />
[[Image:Hairy_coo.jpg|600px|center|link=https://static.igem.org/mediawiki/2013/0/03/Summary_of_work.pdf]]<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T21:57:08Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
<h4>To download the PDF report of our project, click the hairy coo!</h4><br />
[[Image:Hairy_coo.jpg|600px|center|link=https://static.igem.org/mediawiki/2013/0/03/Summary_of_work.pdf]]<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Hairy_coo.jpgFile:Hairy coo.jpg2013-10-04T21:56:39Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Highland-cow.jpgFile:Highland-cow.jpg2013-10-04T21:53:26Z<p>TheFlash: uploaded a new version of &quot;File:Highland-cow.jpg&quot;: Reverted to version as of 21:52, 4 October 2013</p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Highland-cow.jpgFile:Highland-cow.jpg2013-10-04T21:52:49Z<p>TheFlash: uploaded a new version of &quot;File:Highland-cow.jpg&quot;</p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Highland-cow.jpgFile:Highland-cow.jpg2013-10-04T21:52:20Z<p>TheFlash: uploaded a new version of &quot;File:Highland-cow.jpg&quot;</p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/SafetyTeam:Edinburgh/Safety2013-10-04T21:46:00Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
Safety forms were approved on September 29, 2013 by the iGEM Safety Committee.<br />
<br />
PDF of an internal iGEM safety form can be downloaded for viewing here:<br />
<br />
[https://static.igem.org/mediawiki/2013/2/23/Safety_iGEM_2013.pdf Edinburgh IGEM 2013 Safety Form]<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T21:45:34Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===To download our project report PDF, click the hairy coo!===<br />
[[Image:Highland-cow.jpg|600px|center]]<br />
https://static.igem.org/mediawiki/2013/0/03/Summary_of_work.pdf<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Summary_of_work.pdfFile:Summary of work.pdf2013-10-04T21:45:20Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T21:44:15Z<p>TheFlash: /* To download our project report PDF, Click the hairy coo! */</p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===To download our project report PDF, click the hairy coo!===<br />
[[Image:Highland-cow.jpg|600px|center]]<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T21:44:01Z<p>TheFlash: /* Download our project report PDF! Click the hairy coo! */</p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===To download our project report PDF, Click the hairy coo!===<br />
[[Image:Highland-cow.jpg|600px|center]]<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T21:43:37Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===Download our project report PDF! Click the hairy coo!===<br />
[[Image:Highland-cow.jpg|600px|center]]<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T21:42:59Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===To download our project report PDF click the hairy coo :)===<br />
[[Image:Highland-cow.jpg|600px|center]]<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Edinburgh_UniversityEdinburgh University2013-10-04T21:41:05Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<div id="flags"> <p class="nomargin" style="font-size: 12px; font-weight: bold; text-align:center"> Translations: </p><br />
<p class="nomargin"><br />
[[File:english.png|20px|link=]] [[File:french.png|20px|class=french_flag|link=]]<br />
[[File:german.png|20px|link=]]<span style="margin:5px">[[File:chinese.png|20px|class="chinese_flag"|link=]]</span>[[File:polish.png|20px|class="polish_flag"|link=]] [[File:lithuanian.png|20px|class="lithuanian_flag"|link=]] [[File:bulgarian.png|20px|class="bulgarian_flag"|link=]]<span style="margin-left: 5px;">[[File:greek.png|20px|class="greek_flag"|link=]]</span><br />
</p><br />
</div><br />
<h3 style="margin-left: 140px;"><br />
Don't let waste get wasted!<br />
</h3><br />
<br />
<div id="languages" style= "font-weight: bold; "><br />
<br />
<div id="english"><br />
The Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, is focusing on remediation and valorisation of industrial waste streams, with a particular focus on Scottish leather and whisky industry waste waters, containing toxic heavy metal ions as well as fermentable organic components. Using <i>Bacillus subtilis</i> as chassis, we are engineering organisms to capture ions using chelators and metal binding proteins, and to ferment organic components to produce biofuels. We are also testing a new assembly procedure, GenBrick, based on the Genabler assembly system. GenBrick allows assembly of multiple RFC10-compatible BioBricks in a single reaction, and is also well suited to the preparation of fusion proteins and addition of terminal tags. Enzyme fusions may enhance metabolic pathways through substrate channelling. We are testing the effect of protein fusions on fermentation efficiency for biofuel production. In addition, we are examining the implications of possible Scottish independence, following the 2014 referendum, for Synthetic Biology in Scotland.<br />
</div><br />
<br />
<div id="french"><br />
<br />
Le but de l’équipe WastED d’Edimbourg iGEM 2013 se concentre sur la bioremédiation et la revalorisation de déchets industriels, plus particulièrement issus des eaux usées provenant des industries du cuir et du whisky contenant des ions de métaux lourds ainsi que des composants organiques. En utilisant ''Bacillus subtilis'' comme châssis, nous avons conçu un organisme qui capture des ions métalliques à l’aide de chélateurs et qui fermente des composants organiques pour produire des biocarburants. Nous testons également une nouvelle procédure d'assemblage, GenBrick, basé sur le système d'assemblage Genabler. GenBrick permet l'assemblage de plusieurs BioBricks RFC10 compatibles en une seule réaction et est aussi bien adaptée à la préparation de protéines de fusion et l'ajout d’étiquettes. Des fusions d’enzymes peuvent améliorer les voies métaboliques par canalisation du substrat. Nous testons l'effet des fusions de protéines sur l'efficacité de fermentation en ce qui concerne la production de biocarburants. En outre, nous examinons les implications d'une éventuelle indépendance de l'Ecosse à la suite du référendum de 2014, pour la biologie synthétique en Ecosse.<br />
</div><br />
<br />
<div id="german"><br />
Das Edinburgh iGEM 2013 team, WastED, beschäftigt sich mit der Aufbereitung und Weiterverwertung von Industrieabwässern, speziell für Abwässer der Leder- und Whisky-Industrie in Schottland, welche giftige Schwermetallionen sowie organische Verbindungen, die für Gärungsprozesse genutzt werden können, enthalten. Wir nutzen Bacillus subtilis als Modellorganismus, in dem wir die Organismen für Ionenerfassung mithilfe von Chelatkomplexen und Metall bindenden Proteinen sowie für Fermentierung von organischen Komponenten zu Biokraftstoffen gentechnisch verändern. Außerdem prüfen wir ein neues Herstellungsverfahren, GenBrick, welches auf dem Genabler Herstellungssystem beruht. Die GenBrick-Technologie ermöglicht die Herstellung verschiedener RFC10-kompatiblen BioBricks in einer einzigen Reaktion. Des Weiteren ist dieses Verfahren für die Konstruktion von Fusionsproteinen sowie für die Markierung mit Protein-Tags sehr geeignet. Enzymfusionen können Stoffwechselprozesse durch Substrat Channeling (Prozessverbesserung durch Verringerung von Transportdistanzen für Moleküle) optimieren. Wir untersuchen den Einfluss von Proteinfusionen auf die Effizienz von Fermentierungsprozessen für Biokraftstoffproduktion. Außerdem analysieren wir die Auswirkungen einer potenziellen schottischen Unabhängigkeit nach dem Referendum in 2014 für synthetische Biologie in Schottland.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="chinese"><br />
<br />
爱丁堡2013 国际基因工程机器人队伍,WastED, 致力于研究工业废水的净化和控制,尤其是来自爱丁堡皮革和威士忌工业中含有有毒重金属离子和可发酵有机成分的废水。<br />
<br />
以枯草杆菌为基底,我们修改生物体的基因结构,使得它们可以利用蛰合剂和金属结合蛋白来捕获和固定金属,以及将可发酵有机成分转化为生物燃料。<br />
<br />
我们还正在测试一种新的组合程序,Genbrick。它是基于Genabler组合系统的一种程序。<br />
<br />
GenBrick使得多个兼容RFC10生物模块可以在一个反应中完成组合,并且适用于融合蛋白的配制以及终端标签的聚合。<br />
<br />
酶的融合可以通过酶作用物的通道作用加强代谢作用。<br />
<br />
我们也在测试蛋白质的融合对用于生物燃料生产的发酵效率的影响。<br />
<br />
最后,我们还在研究基于2014全民公决的苏格兰独立,对苏格兰合成生物学发展的潜在影响<br />
</div><br />
<br />
<div id="polish"><br />
<br />
W naszym projekcie postanowiliśmy skupić się na sposobach zagospodarowania i rekultywacji odpadów przemysłowych, ze szczególnym naciskiem na ścieki powstające przy produkcji kluczowych dla szkockiej gospodarki produktów eksportowych: whisky, tekstyliów i wyrobów skórzanych. Pomimo wysokiej zawartości szkodliwych metali ciężkich oraz zanieczyszczeń organicznych, które mogą się przyczynić do powstawania zakwitów, ścieki te są zwykle zrzucane do morza Północnego i Atlantyku. Poprzez genetyczne modyfikacje laseczki siennej (<i>Bacillus subtilis</i>), chcemy stworzyć system wiążący jony metali obecnych w ściekach przy równoczesnej produkcji biopaliw z biologicznie rozkładalnych związków organicznych. Ważnym elementem naszego projektu jest również przetestowanie nowej metody łączenia genów nazwanej GenBrick, która w dużej mierze bazuje na systemie Genabler. GenBrick najlepiej sprawdza się przy tworzeniu fuzji protein, na przykład enzymów. Zademonstrowaliśmy to w naszym eksperymencie mającym na celu zwiększenie produkcji etanolu w bakteriach. Dodatkowo rozważaliśmy możliwe implikacje dla rozwijającego się sektora biologii syntetycznej w przypadku odzyskania przez Szkocję niepodległości. <br />
</div><br />
<br />
<div id="lithuanian"><br />
<br />
Edinburgo 2013-ų metų komanda „WastED“ tiria ir ieško naujų būdų, kaip geriau išvalyti gamybines nuotekas ar iš jų išgauti papildomos naudos. Daugiausiai dėmesio skiriame škotiškai odos ir viskio pramonėms, kurių gamybinėse nuotekose randama nuodingų sunkiųjų metalų ir įvairių organinių junginių. Naudodami <i>Bacilus subtilis</i> bakterijas kaip pagrindinį organizmą mūsų sistemoms, kuriame mikrobiologinius metodus metalų jonų surinkimui ir organinių junginių fermentacijai biokurui gaminti. Negana to, taip pat mėginame naują genų sujungimo technologiją „GenBrick“, paremtą industriniu „Genabler“ standartu. Naudodami „GenBrick“, galime atlikti daugelio RFC-10 standartą atitinkančių biodetalių (angl. biobricks) sujungimą per vieną reakciją. Taip pat „GenBrick“ tinka jungtinių baltymų kūrimui ir jų galų žymėjimui bei modifikacijoms. Jungtiniai baltymiai dažnai gali paspartinti medžiagų apykaitą ląstelėse dėka sutrumpinto tarpinių junginių perdavimo atstumo ir laiko. Mes tiriame jungtinių baltymų panaudojimus fermentacijos metu išskiriamo bioetanolio produkcijai pagerinti. Taip pat mes nagrinėjame, kas nutiktų sintetinei biologijai Škotijoje, jei 2014-aisiais, po visuotinio referendumo, Škotija taptų nepriklausoma valstybe.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="bulgarian"><br />
<br />
Екипът на iGEM 2013 в Единбург се фокусира върху пречистването на индустриални отпадни води, по-специално върху отпадните води, получени в Шотландия при производството на лицева кожа и уиски. Тези отпадни води съдържат токсични йони на тежки метали, както и органични, склонни да ферментират съставки. Модифицирайки генно бактерията Bacillus subtilis, ние разработваме организми, способни да улавят йоните посредством хелатори и метало-свързващи протеини и да произвеждат биогориво чрез ферметация на органичните съставки. Освен това, ние тестваме GenBrick, нова процедура за асeмблиране на ДНК, основана на системата за асемблиране Genabler. GenBrick позволява едновременното сглобяване на няколко RFC10-съвместими ДНК „био-тухлички“ (BioBricks) и е подходящ както за приготвяне на слети протеини, така и за добавяне на терминиращи елементи. Сливанията на ензими могат да подобрят метаболизма чрез насочване на субстратите. Ние тестваме ефекта от сливането на протеини върху ефикасността на ферментацията при производството на биогориво. Изучаваме и начинът, по който евентуалната независимост на Шотландия след референдума през 2014 може да повлияе на развитието на синтетичната биология в страната.<br />
<br />
</div><br />
<br />
<div id="greek"><br />
Η ομάδα «WastED» του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου για το διαγωνισμό iGEM 2013 σκοπεύει στην ανακύκλωση και αξιοποίηση των υδάτινων βιομηχανικών αποβλήτων. Εστιάζει στις Σκωτσέζικες βιομηχανίες δέρματος και ουίσκι, των οποίων τα απόβλητα περιέχουν τοξικά ιόντα βαρέων μετάλλων και βιοδιασπώμενες οργανικές ουσίες. Χρησιμοποιώντας τον <i>Bacillus subtilis</i> ως βάση κατασκευάζουμε οργανισμούς, για να εγκλωβίσουμε τα βαρέα ιόντα με χηλικούς παράγοντες και για να διασπάσουμε τις οργανικές ουσίες, ώστε να φτιάξουμε βιοκαύσιμα. Επίσης δοκιμάζουμε μια καινούρια διαδικασία σύνθεσης, το GenBrick, που βασίζεται στο σύστημα σύνθεσης Genabler. Το GenBrick επιτρέπει τη σύνθεση πολλαπλών RFC10-συμβατών BioBricks σε μία αντίδραση και είναι επίσης χρήσιμο για τη δημιουργία συνενωμένων πρωτεϊνών και για την προσθήκη σε αυτές τερματικών στοιχείων. Οι συνενώσεις ενζύμων σε πολλές περιπτώσεις συντομεύουν τις μεταβολικές οδούς, καθώς τα υποστρώματα μετακινούνται ταχύτερα από ένζυμο σε ένζυμο. Εξετάζουμε το αποτέλεσμα των συνενώσεων πρωτεϊνών πάνω στην απόδοση της διάσπασης για τη δημιουργία βιοκαυσίμων. Εντέλει, μελετάμε την επίδραση της ενδεχόμενης Σκωτσέζικης ανεξαρτησίας στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας, λόγω του δημοψηφίσματος του 2014.<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
</div><br />
<br />
----<br />
<br />
===Download our project report PDF by clicking the hairy coo :)===<br />
[[Image:Highland-cow.jpg|600px|center]]<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Introduction/AggregationTeam:Edinburgh/Introduction/Aggregation2013-10-04T21:00:06Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}} <br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'> <br />
<br />
<h3>Aggregation by biofilms</h3><br />
<br />
<i>Bacillus subtilis</i> naturally forms biofilms composed of exopolysaccharides and the protein TasA. Production of both of these components is repressed by the transcription factor SinR. It represses the <i>eps</i> (exopolysaccharide) and <i>yqxM</i> (includes TasA) operons by binding DNA at their regulatory elements. The <i>eps</i> and <i>yqxM</i> operons contain various genes encoding biofilm formation enzymes and regulatory elements. The repressive functionality of SinR is disrupted by SinI, which binds to SinR disables its’ ability to attach to DNA (Whole pathway illustrated in Figure 1a) (Winkelman <i>et al</i>, 2009). The upstream regulation of SinI and SinR is very complex and the details are not important for this project.<br />
<br />
<br />
<b>Novelty in this project</b><br />
<br />
Upon forming a biofilm, the cells aggregate into a floating pellicle if grown in liquid. In our project, we want to use this natural <i>B. subtilis</i> feature as a method of extraction. Furthermore, we intend to make biofilm formation responsive to iron ion concentration in the environment recognisable by the Fur transcription factor. We will attempt to accomplish this by replacing the SinI gene, which is directly downstream of SinR, and normal SinR regulatory elements by a constitutive promoter with a Fur binding box. This would cause biofilm formation derepression in the presence of iron (Figure 1b & 1c).<br />
<br />
[[Image:EdiAggregation.jpg|600px|center]]<br />
<br />
<div style= "text-align: even; font-size: small; color: black;"><br />
<br />
<i><b>Figure 1</b></i> Schematic showing the most crucial regulatory sequence elements from the <i>B. subtilis</i> master regulator Spo0A, which integrates various cellular signals, to operons and their gene products that create biofilms (a). The genetic modifications we intend to perform in our aggregation subproject (b) (c) (Winkelman <i>et al</i>, 2009).<br />
<br />
<br />
<h2>References:</h2><br />
<br />
Winkelman J. T., Blair K. M., Kearns D. B. (2009) RemA (YlzA) and RemB (YaaB) Regulate Extracellular Matrix Operon Expression and Biofilm Formation in Bacillus subtilis<i>, J. Bacteriol.</i>, vol 191 no. 12, June, pp. 3981-3991.<br />
</div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Introduction/Metal_promotersTeam:Edinburgh/Introduction/Metal promoters2013-10-04T20:56:08Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<h3>Fur transcription factor and the fur box </h3><br />
<br />
<br />
In Bacillus subtilis iron recognition is achieved via the Ferric Uptake Regulator (Fur). Fur normally forms a dimer and interacts with a specific operator named the fur box to repressor genes further down-stream. At higher intra-cellular iron concentrations, Fur binds to iron to form a holo-repressor and then binds to the fur box and represses gene transcription. Genes controlled by the fur box usually code for iron binding protein and gate mechanisms within the cell (about 40 genes are controlled by the fur box). In the absence of significant iron levels, the apo-repressor fur does not bind to the fur box and the relevant genes can be coded for. <br />
<br />
<br />
There are two iron binding site per Fur, so 4 overall sites overall in the dimer. (Pohl et al., 2003) The upper binding site (S2) regularly has a zinc ion for structural integrity. The lower binding site (S1) typically has a zinc ion, which is replaced by iron when intracellular iron concentration rises (figure 1). <br />
<br />
<br />
'''Figure 1.''' Fur dimer (Pohl et al., 2003).<br />
<br />
[[File:fur.jpg.png]] <br />
<br />
Legend: Fur dimer crystal structure bound to 4 zinc ions (red spheres). The two upper zinc ion are for structural integrity, the two lower zinc ions are for iron capture.<br />
<br />
<br />
The fur box pattern that is conserved by in all different fur boxes is the palindromic sequence: TGATAAT-N-ATTATCA (N being any base). Most fur boxes are 19 to 21 base pairs and always contain this 7-1-7 palyndromic sequence. Different theories exist as to how the Fur dimer binds to the fur box. The classical model states that a Fur dimer binds to one fur box and represses the downstream gene. Another states that the hexameric GATAAT pattern is recognized by three different fur dimers (Fuangthong and Helmann, 2003). The most recent one posits that the minimal binding site for the Fur dimer is TGATAAT-N-ATTATCA and that most fur boxes contain two repeats of this pattern, such as TGATAATGATAATCATTATCA (figure 2). <br />
<br />
<br />
'''Figure 2.''' The most recent fur box binding model.<br />
<br />
[[File:Boii.png]]<br />
<br />
Legend: The most recent study (Baichoo and Helmann, 2002) suggest most fur boxes have two overlapping palindromic sequence and two fur dimers bind.<br />
<br />
<br />
<br />
We decided to assess the minimal binding site for the fur box to work (TGATAAT-N-ATTATCA) in a synthetic construct and assay the effect of iron on a fluorescent protein located downstream.<br />
<br />
<br />
<br />
<h2>References </h2><br />
<br />
Baichoo, N. and Helmann, J. (2002) Recognition of DNA by Fur: a Reinterpretation of the Fur Box Consensus Sequence. Jour. of Bacter. 184, 5826-5832.<br />
<br />
Fuangthong, M. and Helmann J. (2003) Recognition of DNA by Three Ferric Uptake Regulator Homologs in Bacillus Subtilis. Jour. of Bacter. 185, 6348-6357.<br />
<br />
Pohl, E., Haller, J., Mijovilovich, A., Meyer-Klaucke, W., Garman, E. and Vasil, M. (2003) Architecture of a protein central to iron homeostasis: crystal structure and spectroscopic analysis of the ferric uptake regulator. Mol. Micr. 47 (4), 903-915.<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:AggregationResults2.jpegFile:AggregationResults2.jpeg2013-10-04T20:43:23Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Introduction/Metal_promotersTeam:Edinburgh/Introduction/Metal promoters2013-10-04T20:36:58Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<h3>Fur transcription factor and the fur box </h3><br />
<br />
<br />
In Bacillus subtilis iron recognition is achieved via the Ferric Uptake Regulator (Fur). Fur normally forms a dimer and interacts with a specific operator named the fur box to repressor genes further down-stream. At higher intra-cellular iron concentrations, Fur binds to iron to form a holo-repressor and then binds to the fur box and represses gene transcription. Genes controlled by the fur box usually code for iron binding protein and gate mechanisms within the cell (about 40 genes are controlled by the fur box). In the absence of significant iron levels, the apo-repressor fur does not bind to the fur box and the relevant genes can be coded for. <br />
<br />
<br />
There are two iron binding site per Fur, so 4 overall sites overall in the dimer. (Pohl et al., 2003) The upper binding site (S2) regularly has a zinc ion for structural integrity. The lower binding site (S1) typically has a zinc ion, which is replaced by iron when intracellular iron concentration rises (figure 1). <br />
<br />
<br />
'''Figure 1.''' Fur dimer (Pohl et al., 2003).<br />
<br />
[[File:fur.jpg.png]] <br />
<br />
Legend: Fur dimer crystal structure bound to 4 zinc ions (red spheres). The two upper zinc ion are for structural intergrity, the two lower zinc ions are for iron capture.<br />
<br />
<br />
The fur box pattern that is conserved by in all different fur boxes is the palindromic sequence: TGATAAT-N-ATTATCA (N being any base). Most fur boxes are 19 to 21 base pairs and always contain this 7-1-7 palyndromic sequence. Different theories exist as to how the Fur dimer binds to the fur box. The classical model states that a Fur dimer binds to one fur box and represses the downstream gene. Another states that the hexameric GATAAT pattern is recognized by three different fur dimers (Fuangthong and Helmann, 2003). The most recent one posits that the minimal binding site for the Fur dimer is TGATAAT-N-ATTATCA and that most fur boxes contain two repeats of this pattern, such as TGATAATGATAATCATTATCA (figure 2). <br />
<br />
<br />
'''Figure 2.''' The most recent fur box binding model.<br />
<br />
[[File:Boii.png]]<br />
<br />
Legend: The most recent study (Baichoo and Helmann, 2002) suggest most fur boxes have two overlapping palindromic sequence and two fur dimers bind.<br />
<br />
<br />
<br />
We decided to assess the minimal binding site for the fur box to work (TGATAAT-N-ATTATCA) in a synthetic construct and assay the effect of iron on a fluorescent protein located downstream.<br />
<br />
<br />
<br />
<h2>References </h2><br />
<br />
Baichoo, N. and Helmann, J. (2002) Recognition of DNA by Fur: a Reinterpretation of the Fur Box Consensus Sequence. Jour. of Bacter. 184, 5826-5832.<br />
<br />
Fuangthong, M. and Helmann J. (2003) Recognition of DNA by Three Ferric Uptake Regulator Homologs in Bacillus Subtilis. Jour. of Bacter. 185, 6348-6357.<br />
<br />
Pohl, E., Haller, J., Mijovilovich, A., Meyer-Klaucke, W., Garman, E. and Vasil, M. (2003) Architecture of a protein central to iron homeostasis: crystal structure and spectroscopic analysis of the ferric uptake regulator. Mol. Micr. 47 (4), 903-915.<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/SafetyTeam:Edinburgh/Safety2013-10-04T20:05:38Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Home_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
Safety forms were approved on September 29, 2013 by the iGEM Safety Committee.<br />
<br />
PDF of an internal iGEM safety form can be downloaded for viewing here:<br />
<br />
[https://static.igem.org/mediawiki/2013/2/23/Safety_iGEM_2013.pdf| Edinburgh IGEM 2013 Safety Form]<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Human_Practices/OutreachTeam:Edinburgh/Human Practices/Outreach2013-10-04T19:57:44Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team_Edinburgh/HA_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3>'''Outreach'''</h3><br />
<br />
<br />
'''SeMPowisko: an interdisciplinary student conference in Poland'''<br />
<br />
25-26 May, 2013<br />
<br />
<br />
Held in Jagiellonian University, Krakow for the 3rd consecutive year and organized by the Society of Mathematics and Natural Sciences, the SeMPowisko conference attracts university students, graduates and academics and focuses on emerging interdisciplinary sciences. Jan and Aleksandra gave a presentation called “Synthetic Biology: genetic engineering on steroids or something more?” discussing the technological and ideological background of Synthetic Biology. The summary of the talk will be available in a post-conference publication for a wider audience (ISBN: 978-83-7269-372-3).<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach1.png|320px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''YSB1.0 conference. aka iGEM UK meetup'''<br />
<br />
12-14 July<br />
<br />
<br />
We participated in the annual UK iGEM team meetup where we gave 15 other teams a presentation about our plans and preliminary results and also had our poster on display. We also received pretty cool workshops about finding new biotech companies, performing computer modelling, etc.<br />
<br />
[[File:Outreachysb1.jpg|310px|left]]<br />
[[File:Outreachysb2.jpg|320px|center]]<br />
<br />
<br />
'''Young Researchers’ Summer Camp (LJMS 2013) in Lithuania'''<br />
<br />
21-25 August, 2013<br />
<br />
<br />
The Young Researchers’ Summer Camp is an annual, government organized, conference styled summer camp for exceptional high school pupils, where they receive presentations and workshops by guest lecturers from various fields of study. They also have to perform quirky science experiments and present their findings. But also, students are housed next to a National Park and may spend their free time swimming in lakes, picking berries or playing volleyball.<br />
<br />
Dainius assisted in managing LJMS and also visited the summer camp for 3 days. He gave a fun presentation of Synthetic Biology, iGEM and best and most interesting past year projects. Staying for several days allowed shyer students to ask their questions as well, giving Dainius’ presentation a 100% student satisfaction rating.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach2.png|325px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach3.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
'''Career talks at the Edinburgh University Lithuanian Society'''<br />
<br />
27 September, 2013<br />
<br />
<br />
Organized for the 3rd consecutive year, this event attracts around 30 Lithuanian students from various disciplines and is a great opportunity to share and gain experience, useful contacts and application information. The majority of career events in Edinburgh University are dominated by the business and law sectors, therefore Dainius’ presentation, introducing Synthetic Biology and iGEM to this audience, was a great way of attracting the attention of humanities students and may provide useful if they want to join EdiGEM next year or in the future, once they become lawmakers. This is particularly relevant in the EU, where government policies are very strict towards the applications of Genetic Engineering.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach7.png|310px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach6.png|310px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Freshers’ Week presentation together with the Edinburgh University Synthetic Biology Society'''<br />
<br />
13 Friday, 2013<br />
<br />
<br />
Freshers’ Week is the best opportunity to attract the wider audience while students are open to more ideas than during the rest of the academic year. We cooperated with the Synthetic Biology society to present iGEM to the fresher community, some of which will hopefully grow to become future EdiGEM members!<br />
<br />
A video recording of this presentation may be found on [https://www.youtube.com/watch?v=t7wQX_EFrdY YouTube].<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach4.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach5.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Human_Practices/OutreachTeam:Edinburgh/Human Practices/Outreach2013-10-04T19:56:48Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team_Edinburgh/HA_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3>'''Outreach'''</h3><br />
<br />
<br />
'''SeMPowisko: an interdisciplinary student conference in Poland'''<br />
<br />
25-26 May, 2013<br />
<br />
<br />
Held in Jagiellonian University, Krakow for the 3rd consecutive year and organized by the Society of Mathematics and Natural Sciences, the SeMPowisko conference attracts university students, graduates and academics and focuses on emerging interdisciplinary sciences. Jan and Aleksandra gave a presentation called “Synthetic Biology: genetic engineering on steroids or something more?” discussing the technological and ideological background of Synthetic Biology. The summary of the talk will be available in a post-conference publication for a wider audience (ISBN: 978-83-7269-372-3).<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach1.png|320px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''YSB1.0 conference. aka iGEM UK meetup'''<br />
<br />
12-14 July<br />
<br />
<br />
We participated in the annual UK iGEM team meetup where we gave 15 other teams a presentation about our plans and preliminary results and also had our poster on display. We also received pretty cool workshops about finding new biotech companies, performing computer modelling, etc.<br />
<br />
[[File:Outreachysb1.jpg|310px|left]]<br />
[[File:Outreachysb2.jpg|320px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''Young Researchers’ Summer Camp (LJMS 2013) in Lithuania'''<br />
<br />
21-25 August, 2013<br />
<br />
<br />
The Young Researchers’ Summer Camp is an annual, government organized, conference styled summer camp for exceptional high school pupils, where they receive presentations and workshops by guest lecturers from various fields of study. They also have to perform quirky science experiments and present their findings. But also, students are housed next to a National Park and may spend their free time swimming in lakes, picking berries or playing volleyball.<br />
<br />
Dainius assisted in managing LJMS and also visited the summer camp for 3 days. He gave a fun presentation of Synthetic Biology, iGEM and best and most interesting past year projects. Staying for several days allowed shyer students to ask their questions as well, giving Dainius’ presentation a 100% student satisfaction rating.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach2.png|325px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach3.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
'''Career talks at the Edinburgh University Lithuanian Society'''<br />
<br />
27 September, 2013<br />
<br />
<br />
Organized for the 3rd consecutive year, this event attracts around 30 Lithuanian students from various disciplines and is a great opportunity to share and gain experience, useful contacts and application information. The majority of career events in Edinburgh University are dominated by the business and law sectors, therefore Dainius’ presentation, introducing Synthetic Biology and iGEM to this audience, was a great way of attracting the attention of humanities students and may provide useful if they want to join EdiGEM next year or in the future, once they become lawmakers. This is particularly relevant in the EU, where government policies are very strict towards the applications of Genetic Engineering.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach7.png|310px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach6.png|310px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Freshers’ Week presentation together with the Edinburgh University Synthetic Biology Society'''<br />
<br />
13 Friday, 2013<br />
<br />
<br />
Freshers’ Week is the best opportunity to attract the wider audience while students are open to more ideas than during the rest of the academic year. We cooperated with the Synthetic Biology society to present iGEM to the fresher community, some of which will hopefully grow to become future EdiGEM members!<br />
<br />
A video recording of this presentation may be found on [https://www.youtube.com/watch?v=t7wQX_EFrdY YouTube].<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach4.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach5.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Human_Practices/OutreachTeam:Edinburgh/Human Practices/Outreach2013-10-04T19:56:29Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team_Edinburgh/HA_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3>'''Outreach'''</h3><br />
<br />
<br />
'''SeMPowisko: an interdisciplinary student conference in Poland'''<br />
<br />
25-26 May, 2013<br />
<br />
<br />
Held in Jagiellonian University, Krakow for the 3rd consecutive year and organized by the Society of Mathematics and Natural Sciences, the SeMPowisko conference attracts university students, graduates and academics and focuses on emerging interdisciplinary sciences. Jan and Aleksandra gave a presentation called “Synthetic Biology: genetic engineering on steroids or something more?” discussing the technological and ideological background of Synthetic Biology. The summary of the talk will be available in a post-conference publication for a wider audience (ISBN: 978-83-7269-372-3).<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach1.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''YSB1.0 conference. aka iGEM UK meetup'''<br />
<br />
12-14 July<br />
<br />
<br />
We participated in the annual UK iGEM team meetup where we gave 15 other teams a presentation about our plans and preliminary results and also had our poster on display. We also received pretty cool workshops about finding new biotech companies, performing computer modelling, etc.<br />
<br />
[[File:Outreachysb1.jpg|310px|left]]<br />
[[File:Outreachysb2.jpg|320px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''Young Researchers’ Summer Camp (LJMS 2013) in Lithuania'''<br />
<br />
21-25 August, 2013<br />
<br />
<br />
The Young Researchers’ Summer Camp is an annual, government organized, conference styled summer camp for exceptional high school pupils, where they receive presentations and workshops by guest lecturers from various fields of study. They also have to perform quirky science experiments and present their findings. But also, students are housed next to a National Park and may spend their free time swimming in lakes, picking berries or playing volleyball.<br />
<br />
Dainius assisted in managing LJMS and also visited the summer camp for 3 days. He gave a fun presentation of Synthetic Biology, iGEM and best and most interesting past year projects. Staying for several days allowed shyer students to ask their questions as well, giving Dainius’ presentation a 100% student satisfaction rating.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach2.png|325px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach3.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
'''Career talks at the Edinburgh University Lithuanian Society'''<br />
<br />
27 September, 2013<br />
<br />
<br />
Organized for the 3rd consecutive year, this event attracts around 30 Lithuanian students from various disciplines and is a great opportunity to share and gain experience, useful contacts and application information. The majority of career events in Edinburgh University are dominated by the business and law sectors, therefore Dainius’ presentation, introducing Synthetic Biology and iGEM to this audience, was a great way of attracting the attention of humanities students and may provide useful if they want to join EdiGEM next year or in the future, once they become lawmakers. This is particularly relevant in the EU, where government policies are very strict towards the applications of Genetic Engineering.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach7.png|310px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach6.png|310px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Freshers’ Week presentation together with the Edinburgh University Synthetic Biology Society'''<br />
<br />
13 Friday, 2013<br />
<br />
<br />
Freshers’ Week is the best opportunity to attract the wider audience while students are open to more ideas than during the rest of the academic year. We cooperated with the Synthetic Biology society to present iGEM to the fresher community, some of which will hopefully grow to become future EdiGEM members!<br />
<br />
A video recording of this presentation may be found on [https://www.youtube.com/watch?v=t7wQX_EFrdY YouTube].<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach4.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach5.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Human_Practices/OutreachTeam:Edinburgh/Human Practices/Outreach2013-10-04T19:55:46Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team_Edinburgh/HA_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3>'''Outreach'''</h3><br />
<br />
[[Image:EdiOutreach.png|300px|right]]<br />
[[Image:EdiOutreach1.png|300px|right]]<br />
'''SeMPowisko: an interdisciplinary student conference in Poland'''<br />
<br />
25-26 May, 2013<br />
<br />
<br />
Held in Jagiellonian University, Krakow for the 3rd consecutive year and organized by the Society of Mathematics and Natural Sciences, the SeMPowisko conference attracts university students, graduates and academics and focuses on emerging interdisciplinary sciences. Jan and Aleksandra gave a presentation called “Synthetic Biology: genetic engineering on steroids or something more?” discussing the technological and ideological background of Synthetic Biology. The summary of the talk will be available in a post-conference publication for a wider audience (ISBN: 978-83-7269-372-3).<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''YSB1.0 conference. aka iGEM UK meetup'''<br />
<br />
12-14 July<br />
<br />
<br />
We participated in the annual UK iGEM team meetup where we gave 15 other teams a presentation about our plans and preliminary results and also had our poster on display. We also received pretty cool workshops about finding new biotech companies, performing computer modelling, etc.<br />
<br />
[[File:Outreachysb1.jpg|310px|left]]<br />
[[File:Outreachysb2.jpg|320px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''Young Researchers’ Summer Camp (LJMS 2013) in Lithuania'''<br />
<br />
21-25 August, 2013<br />
<br />
<br />
The Young Researchers’ Summer Camp is an annual, government organized, conference styled summer camp for exceptional high school pupils, where they receive presentations and workshops by guest lecturers from various fields of study. They also have to perform quirky science experiments and present their findings. But also, students are housed next to a National Park and may spend their free time swimming in lakes, picking berries or playing volleyball.<br />
<br />
Dainius assisted in managing LJMS and also visited the summer camp for 3 days. He gave a fun presentation of Synthetic Biology, iGEM and best and most interesting past year projects. Staying for several days allowed shyer students to ask their questions as well, giving Dainius’ presentation a 100% student satisfaction rating.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach2.png|325px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach3.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
'''Career talks at the Edinburgh University Lithuanian Society'''<br />
<br />
27 September, 2013<br />
<br />
<br />
Organized for the 3rd consecutive year, this event attracts around 30 Lithuanian students from various disciplines and is a great opportunity to share and gain experience, useful contacts and application information. The majority of career events in Edinburgh University are dominated by the business and law sectors, therefore Dainius’ presentation, introducing Synthetic Biology and iGEM to this audience, was a great way of attracting the attention of humanities students and may provide useful if they want to join EdiGEM next year or in the future, once they become lawmakers. This is particularly relevant in the EU, where government policies are very strict towards the applications of Genetic Engineering.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach7.png|310px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach6.png|310px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Freshers’ Week presentation together with the Edinburgh University Synthetic Biology Society'''<br />
<br />
13 Friday, 2013<br />
<br />
<br />
Freshers’ Week is the best opportunity to attract the wider audience while students are open to more ideas than during the rest of the academic year. We cooperated with the Synthetic Biology society to present iGEM to the fresher community, some of which will hopefully grow to become future EdiGEM members!<br />
<br />
A video recording of this presentation may be found on [https://www.youtube.com/watch?v=t7wQX_EFrdY YouTube].<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach4.png|300px|left]]<br />
[[Image:EdiOutreach5.png|300px|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Human_Practices/OutreachTeam:Edinburgh/Human Practices/Outreach2013-10-04T19:44:51Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team_Edinburgh/HA_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3>'''Outreach'''</h3><br />
<br />
[[Image:EdiOutreach.png|300px|right|thumb]]<br />
[[Image:EdiOutreach1.png|300px|right|thumb]]<br />
'''SeMPowisko: an interdisciplinary student conference in Poland'''<br />
<br />
25-26 May, 2013<br />
<br />
<br />
Held in Jagiellonian University, Krakow for the 3rd consecutive year and organized by the Society of Mathematics and Natural Sciences, the SeMPowisko conference attracts university students, graduates and academics and focuses on emerging interdisciplinary sciences. Jan and Aleksandra gave a presentation called “Synthetic Biology: genetic engineering on steroids or something more?” discussing the technological and ideological background of Synthetic Biology. The summary of the talk will be available in a post-conference publication for a wider audience (ISBN: 978-83-7269-372-3).<br />
<br />
<br />
'''YSB1.0 conference. aka iGEM UK meetup'''<br />
<br />
12-14 July<br />
We participated in the annual UK iGEM team meetup where we gave 15 other teams a presentation about our plans and preliminary results and also had our poster on display. We also received pretty cool workshops about finding new biotech companies, performing computer modelling, etc.<br />
<br />
[[File:Outreachysb1.jpg|292px|thumb|left]]<br />
[[File:Outreachysb2.jpg|300px|thumb|right]]<br />
<br />
<br />
'''Young Researchers’ Summer Camp (LJMS 2013) in Lithuania'''<br />
<br />
21-25 August, 2013<br />
<br />
<br />
The Young Researchers’ Summer Camp is an annual, government organized, conference styled summer camp for exceptional high school pupils, where they receive presentations and workshops by guest lecturers from various fields of study. They also have to perform quirky science experiments and present their findings. But also, students are housed next to a National Park and may spend their free time swimming in lakes, picking berries or playing volleyball.<br />
<br />
Dainius assisted in managing LJMS and also visited the summer camp for 3 days. He gave a fun presentation of Synthetic Biology, iGEM and best and most interesting past year projects. Staying for several days allowed shyer students to ask their questions as well, giving Dainius’ presentation a 100% student satisfaction rating.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach2.png|325px|left|thumb]]<br />
[[Image:EdiOutreach3.png|300px|center|thumb]]<br />
<br />
<br />
'''Career talks at the Edinburgh University Lithuanian Society'''<br />
[[Image:EdiOutreach7.png|300px|thumb]]<br />
[[Image:EdiOutreach6.png|300px|thumb]]<br />
27 September, 2013<br />
<br />
<br />
Organized for the 3rd consecutive year, this event attracts around 30 Lithuanian students from various disciplines and is a great opportunity to share and gain experience, useful contacts and application information. The majority of career events in Edinburgh University are dominated by the business and law sectors, therefore Dainius’ presentation, introducing Synthetic Biology and iGEM to this audience, was a great way of attracting the attention of humanities students and may provide useful if they want to join EdiGEM next year or in the future, once they become lawmakers. This is particularly relevant in the EU, where government policies are very strict towards the applications of Genetic Engineering.<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''Freshers’ Week presentation together with the Edinburgh University Synthetic Biology Society'''<br />
<br />
13 Friday, 2013<br />
<br />
<br />
Freshers’ Week is the best opportunity to attract the wider audience while students are open to more ideas than during the rest of the academic year. We cooperated with the Synthetic Biology society to present iGEM to the fresher community, some of which will hopefully grow to become future EdiGEM members!<br />
<br />
A video recording of this presentation may be found on [https://www.youtube.com/watch?v=t7wQX_EFrdY YouTube].<br />
[[Image:EdiOutreach4.png|300px|thumb|right]]<br />
[[Image:EdiOutreach5.png|300px|thumb|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Outreachysb1.jpgFile:Outreachysb1.jpg2013-10-04T19:43:01Z<p>TheFlash: uploaded a new version of &quot;File:Outreachysb1.jpg&quot;</p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Outreachysb1.jpgFile:Outreachysb1.jpg2013-10-04T19:41:22Z<p>TheFlash: uploaded a new version of &quot;File:Outreachysb1.jpg&quot;</p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/Human_Practices/OutreachTeam:Edinburgh/Human Practices/Outreach2013-10-04T19:38:13Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team_Edinburgh/HA_side_menu}}<br />
<br />
<div class='content'><br />
<br />
<h3>'''Outreach'''</h3><br />
<br />
<br />
'''SeMPowisko: an interdisciplinary student conference in Poland'''<br />
[[Image:EdiOutreach.png|300px|right|thumb]]<br />
[[Image:EdiOutreach1.png|300px|right|thumb]]<br />
25-26 May, 2013<br />
<br />
<br />
Held in Jagiellonian University, Krakow for the 3rd consecutive year and organized by the Society of Mathematics and Natural Sciences, the SeMPowisko conference attracts university students, graduates and academics and focuses on emerging interdisciplinary sciences. Jan and Aleksandra gave a presentation called “Synthetic Biology: genetic engineering on steroids or something more?” discussing the technological and ideological background of Synthetic Biology. The summary of the talk will be available in a post-conference publication for a wider audience (ISBN: 978-83-7269-372-3).<br />
<br />
<br />
'''YSB1.0 conference. aka iGEM UK meetup'''<br />
<br />
12-14 July<br />
We participated in the annual UK iGEM team meetup where we gave 15 other teams a presentation about our plans and preliminary results and also had our poster on display. We also received pretty cool workshops about finding new biotech companies, performing computer modelling, etc.<br />
<br />
[[File:Outreachysb1.jpg|300px|thumb|left]]<br />
[[File:Outreachysb2.jpg|300px|thumb|right]]<br />
<br />
<br />
'''Young Researchers’ Summer Camp (LJMS 2013) in Lithuania'''<br />
<br />
21-25 August, 2013<br />
<br />
<br />
The Young Researchers’ Summer Camp is an annual, government organized, conference styled summer camp for exceptional high school pupils, where they receive presentations and workshops by guest lecturers from various fields of study. They also have to perform quirky science experiments and present their findings. But also, students are housed next to a National Park and may spend their free time swimming in lakes, picking berries or playing volleyball.<br />
<br />
Dainius assisted in managing LJMS and also visited the summer camp for 3 days. He gave a fun presentation of Synthetic Biology, iGEM and best and most interesting past year projects. Staying for several days allowed shyer students to ask their questions as well, giving Dainius’ presentation a 100% student satisfaction rating.<br />
<br />
[[Image:EdiOutreach2.png|325px|left|thumb]]<br />
[[Image:EdiOutreach3.png|300px|center|thumb]]<br />
<br />
<br />
'''Career talks at the Edinburgh University Lithuanian Society'''<br />
[[Image:EdiOutreach7.png|300px|thumb]]<br />
[[Image:EdiOutreach6.png|300px|thumb]]<br />
27 September, 2013<br />
<br />
<br />
Organized for the 3rd consecutive year, this event attracts around 30 Lithuanian students from various disciplines and is a great opportunity to share and gain experience, useful contacts and application information. The majority of career events in Edinburgh University are dominated by the business and law sectors, therefore Dainius’ presentation, introducing Synthetic Biology and iGEM to this audience, was a great way of attracting the attention of humanities students and may provide useful if they want to join EdiGEM next year or in the future, once they become lawmakers. This is particularly relevant in the EU, where government policies are very strict towards the applications of Genetic Engineering.<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''Freshers’ Week presentation together with the Edinburgh University Synthetic Biology Society'''<br />
<br />
13 Friday, 2013<br />
<br />
<br />
Freshers’ Week is the best opportunity to attract the wider audience while students are open to more ideas than during the rest of the academic year. We cooperated with the Synthetic Biology society to present iGEM to the fresher community, some of which will hopefully grow to become future EdiGEM members!<br />
<br />
A video recording of this presentation may be found on [https://www.youtube.com/watch?v=t7wQX_EFrdY YouTube].<br />
[[Image:EdiOutreach4.png|300px|thumb|right]]<br />
[[Image:EdiOutreach5.png|300px|thumb|center]]<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Outreachysb2.jpgFile:Outreachysb2.jpg2013-10-04T19:36:10Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/File:Outreachysb1.jpgFile:Outreachysb1.jpg2013-10-04T19:35:52Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div></div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendixTeam:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendix2013-10-04T19:12:29Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Genabler_side_menu}}<br />
<div class='content'><br />
<br />
==='''Genbrick Assembly'''===<br />
<br />
'''Design and Preparation - Linker and Segment<br />
<br />
<br />
;'''1. Overview'''<br />
*Utilise the linker designer software from the EdiGEM 2013 wiki to design Eye and Hook linker oligo pairs<br />
*Linker and Segment oligos can be custom-made as single-stranded, unphosphorylated DNA<br />
*Forward and reverse oligo pairs are mixed and phosphorylated prior to annealing<br />
<br />
<br />
;'''2. Preparation'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp1.png|250px]]<br />
*Re-suspend oligo in nuclease-free water to 100 µM (as per instructions)<br />
*Phosphorylation reaction (not required if oligos with 5' phosphate are ordered)<br />
*Annealing is achieved by addition of 5 µL 5 M NaCl (50 mM [final]) prior to heat denaturation at < 95°C and slow cooling to Room temperature.<br />
<br />
<br />
'''Pre-assembly'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp2.png]]<br />
;'''1. Eye-Part-Hook Preparation'''<br />
:a) Using 3-part pathway as an example:<br />
:*Acceptor Vector cassette (+promoter); Acc_RFP<br />
:*LacZ truncated gene (+PLac);PLac_LacZ<br />
:*Green fluorescent protein; GFP<br />
<br />
:b) Digestion-Ligation reaction of Eye-Part-Hook (E-P-H) (Overnight)<br />
:*Acc_RFP-E + Acc_RFP-P + GFP-H<br />
:*PLac_LacZ-E + PLac_LacZ-P + Acc_RFP-H<br />
:*GFP-E + GFP-P + PLac_LacZ-H<br />
<br />
[[File:Genbrickapp3.png|650px]]<br />
<br />
:b) c) Purification of Digestion-Ligation E-P-H product to remove non-ligated DNA/plasmid<br />
:*Run 50 µL E-P-H Digestion-Ligation reaction on 1% agarose gel<br />
:*Or: QIAquick PCR Purification kit can be used if Part plasmid does not carry resistance/marker<br />
<br />
<br />
'''Assembly'''<br />
<br />
;'''1. Incubation'''<br />
<br />
*Use 5 µL each E-P-H required for assembly<br />
*Add x µl 10X NEBuffer 4 to make 1X final concentration<br />
*Incubate 30-60 minutes at Room Temperature<br />
*3-part Example: <br />
<br />
:5 µL Acc_RFP E-P-H ([Acc_RFP -E]+[ Acc_RFP -P]+[GFP-H])<br />
:5 µL PLac_LacZ E-P-H ([PLac_LacZ-E]+[PLac_LacZ-P]+[Acc_RFP-H)<br />
:5 µL GFP E-P-H ([GFP-E]+[GFP-P]+[PLac_LacZ-H])<br />
:2 µl NEBuffer 4<br />
:3 µL sterile water<br />
*If larger number of E-P-H in assembly, adjust 10X NEBuffer 4 and water accordingly<br />
<br />
;'''2. Transformation'''<br />
<br />
*Use 10 µL assembly mix to transform 50 µL NEB 10-beta competent cells C3019H<br />
*Culture above assembly example on LB agar plates with chloramphenicol and IPTG<br />
*Incubate overnight at 37°C (further growth at RT if colonies require)<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendixTeam:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendix2013-10-04T19:11:56Z<p>TheFlash: /* Genbrick Assembly */</p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Genabler_side_menu}}<br />
<div class='content'><br />
<br />
==='''Genbrick Assembly'''===<br />
<br />
'''Design and Preparation - Linker and Segment<br />
<br />
<br />
;'''1. Overview'''<br />
*Utilise the linker designer software from the EdiGEM 2013 wiki to design Eye and Hook linker oligo pairs<br />
*Linker and Segment oligos can be custom-made as single-stranded, unphosphorylated DNA<br />
*Forward and reverse oligo pairs are mixed and phosphorylated prior to annealing<br />
<br />
<br />
;'''2. Preparation'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp1.png|250px]]<br />
*Re-suspend oligo in nuclease-free water to 100 µM (as per instructions)<br />
*Phosphorylation reaction (not required if oligos with 5' phosphate are ordered)<br />
*Annealing is achieved by addition of 5 µL 5 M NaCl (50 mM [final]) prior to heat denaturation at < 95°C and slow cooling to Room temperature.<br />
<br />
<br />
'''Pre-assembly'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp2.png]]<br />
;'''1. Eye-Part-Hook Preparation'''<br />
:a) Using 3-part pathway as an example:<br />
:*Acceptor Vector cassette (+promoter); Acc_RFP<br />
:*LacZ truncated gene (+PLac);PLac_LacZ<br />
:*Green fluorescent protein; GFP<br />
<br />
:b) Digestion-Ligation reaction of Eye-Part-Hook (E-P-H) (Overnight)<br />
:*Acc_RFP-E + Acc_RFP-P + GFP-H<br />
:*PLac_LacZ-E + PLac_LacZ-P + Acc_RFP-H<br />
:*GFP-E + GFP-P + PLac_LacZ-H<br />
<br />
[[File:Genbrickapp3.png|650px]]<br />
<br />
:b) c) Purification of Digestion-Ligation E-P-H product to remove non-ligated DNA/plasmid<br />
:*Run 50 µL E-P-H Digestion-Ligation reaction on 1% agarose gel<br />
:*Or: QIAquick PCR Purification kit can be used if Part plasmid does not carry resistance/marker<br />
<br />
<br />
'''Assembly'''<br />
<br />
;'''1. Incubation'''<br />
<br />
:*Use 5 µL each E-P-H required for assembly<br />
:*Add x µl 10X NEBuffer 4 to make 1X final concentration<br />
:*Incubate 30-60 minutes at Room Temperature<br />
:*3-part Example: <br />
<br />
::5 µL Acc_RFP E-P-H ([Acc_RFP -E]+[ Acc_RFP -P]+[GFP-H])<br />
::5 µL PLac_LacZ E-P-H ([PLac_LacZ-E]+[PLac_LacZ-P]+[Acc_RFP-H)<br />
::5 µL GFP E-P-H ([GFP-E]+[GFP-P]+[PLac_LacZ-H])<br />
::2 µl NEBuffer 4<br />
::3 µL sterile water<br />
:*If larger number of E-P-H in assembly, adjust 10X NEBuffer 4 and water accordingly<br />
<br />
;'''2. Transformation'''<br />
<br />
*Use 10 µL assembly mix to transform 50 µL NEB 10-beta competent cells C3019H<br />
*Culture above assembly example on LB agar plates with chloramphenicol and IPTG<br />
*Incubate overnight at 37°C (further growth at RT if colonies require)<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendixTeam:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendix2013-10-04T19:11:29Z<p>TheFlash: /* Genbrick Assembly */</p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Genabler_side_menu}}<br />
<div class='content'><br />
<br />
==='''Genbrick Assembly'''===<br />
<br />
'''Design and Preparation - Linker and Segment<br />
<br />
<br />
;'''1. Overview'''<br />
*Utilise the linker designer software from the EdiGEM 2013 wiki to design Eye and Hook linker oligo pairs<br />
*Linker and Segment oligos can be custom-made as single-stranded, unphosphorylated DNA<br />
*Forward and reverse oligo pairs are mixed and phosphorylated prior to annealing<br />
<br />
<br />
;'''2. Preparation'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp1.png|250px]]<br />
*Re-suspend oligo in nuclease-free water to 100 µM (as per instructions)<br />
*Phosphorylation reaction (not required if oligos with 5' phosphate are ordered)<br />
*Annealing is achieved by addition of 5 µL 5 M NaCl (50 mM [final]) prior to heat denaturation at < 95°C and slow cooling to Room temperature.<br />
<br />
<br />
'''Pre-assembly'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp2.png]]<br />
;'''1. Eye-Part-Hook Preparation'''<br />
:a) Using 3-part pathway as an example:<br />
:*Acceptor Vector cassette (+promoter); Acc_RFP<br />
:*LacZ truncated gene (+PLac);PLac_LacZ<br />
:*Green fluorescent protein; GFP<br />
<br />
:b) Digestion-Ligation reaction of Eye-Part-Hook (E-P-H) (Overnight)<br />
:*Acc_RFP-E + Acc_RFP-P + GFP-H<br />
:*PLac_LacZ-E + PLac_LacZ-P + Acc_RFP-H<br />
:*GFP-E + GFP-P + PLac_LacZ-H<br />
<br />
[[File:Genbrickapp3.png|650px]]<br />
<br />
:b) c) Purification of Digestion-Ligation E-P-H product to remove non-ligated DNA/plasmid<br />
:*Run 50 µL E-P-H Digestion-Ligation reaction on 1% agarose gel<br />
:*Or: QIAquick PCR Purification kit can be used if Part plasmid does not carry resistance/marker<br />
<br />
<br />
'''Assembly'''<br />
<br />
;'''1. Incubation'''<br />
<br />
:*Use 5 µL each E-P-H required for assembly<br />
:*Add x µl 10X NEBuffer 4 to make 1X final concentration<br />
:*Incubate 30-60 minutes at Room Temperature<br />
:*3-part Example: <br />
<br />
::5 µL Acc_RFP E-P-H ([Acc_RFP -E]+[ Acc_RFP -P]+[GFP-H])<br />
::5 µL PLac_LacZ E-P-H ([PLac_LacZ-E]+[PLac_LacZ-P]+[Acc_RFP-H)<br />
::5 µL GFP E-P-H ([GFP-E]+[GFP-P]+[PLac_LacZ-H])<br />
::2 µl NEBuffer 4<br />
::3 µL sterile water<br />
:*If larger number of E-P-H in assembly, adjust 10X NEBuffer 4 and water accordingly<br />
<br />
;'''2. Transformation'''<br />
<br />
:*Use 10 µL assembly mix to transform 50 µL NEB 10-beta competent cells C3019H<br />
:*Culture above assembly example on LB agar plates with chloramphenicol and IPTG<br />
:*Incubate overnight at 37°C (further growth at RT if colonies require)<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendixTeam:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendix2013-10-04T19:11:14Z<p>TheFlash: /* Genbrick Assembly */</p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Genabler_side_menu}}<br />
<div class='content'><br />
<br />
==='''Genbrick Assembly'''===<br />
<br />
'''Design and Preparation - Linker and Segment<br />
<br />
<br />
;'''1. Overview'''<br />
*Utilise the linker designer software from the EdiGEM 2013 wiki to design Eye and Hook linker oligo pairs<br />
*Linker and Segment oligos can be custom-made as single-stranded, unphosphorylated DNA<br />
*Forward and reverse oligo pairs are mixed and phosphorylated prior to annealing<br />
<br />
<br />
;'''2. Preparation'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp1.png|250px]]<br />
*Re-suspend oligo in nuclease-free water to 100 µM (as per instructions)<br />
*Phosphorylation reaction (not required if oligos with 5' phosphate are ordered)<br />
*Annealing is achieved by addition of 5 µL 5 M NaCl (50 mM [final]) prior to heat denaturation at < 95°C and slow cooling to Room temperature.<br />
<br />
<br />
'''Pre-assembly'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp2.png]]<br />
;'''1. Eye-Part-Hook Preparation'''<br />
:a) Using 3-part pathway as an example:<br />
:*Acceptor Vector cassette (+promoter); Acc_RFP<br />
:*LacZ truncated gene (+PLac);PLac_LacZ<br />
:*Green fluorescent protein; GFP<br />
<br />
:b) Digestion-Ligation reaction of Eye-Part-Hook (E-P-H) (Overnight)<br />
:*Acc_RFP-E + Acc_RFP-P + GFP-H<br />
:*PLac_LacZ-E + PLac_LacZ-P + Acc_RFP-H<br />
:*GFP-E + GFP-P + PLac_LacZ-H<br />
<br />
[[File:Genbrickapp3.png|650px]]<br />
<br />
:b) c) Purification of Digestion-Ligation E-P-H product to remove non-ligated DNA/plasmid<br />
:*Run 50 µL E-P-H Digestion-Ligation reaction on 1% agarose gel<br />
:*Or: QIAquick PCR Purification kit can be used if Part plasmid does not carry resistance/marker<br />
<br />
<br />
'''Assembly'''<br />
<br />
;'''1. Incubation'''<br />
<br />
:*Use 5 µL each E-P-H required for assembly<br />
:*Add x µl 10X NEBuffer 4 to make 1X final concentration<br />
:*Incubate 30-60 minutes at Room Temperature<br />
:*3-part Example: <br />
<br />
::5 µL Acc_RFP E-P-H ([Acc_RFP -E]+[ Acc_RFP -P]+[GFP-H])<br />
::5 µL PLac_LacZ E-P-H ([PLac_LacZ-E]+[PLac_LacZ-P]+[Acc_RFP-H)<br />
::5 µL GFP E-P-H ([GFP-E]+[GFP-P]+[PLac_LacZ-H])<br />
::2 µl NEBuffer 4<br />
::3 µL sterile water<br />
:*If larger number of E-P-H in assembly, adjust 10X NEBuffer 4 and water accordingly<br />
<br />
;'''2. Transformation'''<br />
:*Use 10 µL assembly mix to transform 50 µL NEB 10-beta competent cells C3019H<br />
:*Culture above assembly example on LB agar plates with chloramphenicol and IPTG<br />
:*Incubate overnight at 37°C (further growth at RT if colonies require)<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlashhttp://2013.igem.org/Team:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendixTeam:Edinburgh/GenBrick/GenablerAppendix2013-10-04T19:10:53Z<p>TheFlash: </p>
<hr />
<div>{{Team:Edinburgh/Menu}}<br />
{{Team:Edinburgh/Genabler_side_menu}}<br />
<div class='content'><br />
<br />
==='''Genbrick Assembly'''===<br />
<br />
'''Design and Preparation - Linker and Segment<br />
<br />
<br />
;'''1. Overview'''<br />
*Utilise the linker designer software from the EdiGEM 2013 wiki to design Eye and Hook linker oligo pairs<br />
*Linker and Segment oligos can be custom-made as single-stranded, unphosphorylated DNA<br />
*Forward and reverse oligo pairs are mixed and phosphorylated prior to annealing<br />
<br />
<br />
;'''2. Preparation'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp1.png|250px]]<br />
*Re-suspend oligo in nuclease-free water to 100 µM (as per instructions)<br />
*Phosphorylation reaction (not required if oligos with 5' phosphate are ordered)<br />
*Annealing is achieved by addition of 5 µL 5 M NaCl (50 mM [final]) prior to heat denaturation at < 95°C and slow cooling to Room temperature.<br />
<br />
<br />
'''Pre-assembly'''<br />
<br />
[[File:Genbrickapp2.png]]<br />
;'''1. Eye-Part-Hook Preparation'''<br />
:a) Using 3-part pathway as an example:<br />
:*Acceptor Vector cassette (+promoter); Acc_RFP<br />
:*LacZ truncated gene (+PLac);PLac_LacZ<br />
:*Green fluorescent protein; GFP<br />
<br />
:b) Digestion-Ligation reaction of Eye-Part-Hook (E-P-H) (Overnight)<br />
:*Acc_RFP-E + Acc_RFP-P + GFP-H<br />
:*PLac_LacZ-E + PLac_LacZ-P + Acc_RFP-H<br />
:*GFP-E + GFP-P + PLac_LacZ-H<br />
<br />
[[File:Genbrickapp3.png|650px]]<br />
<br />
:b) c) Purification of Digestion-Ligation E-P-H product to remove non-ligated DNA/plasmid<br />
:*Run 50 µL E-P-H Digestion-Ligation reaction on 1% agarose gel<br />
:*Or: QIAquick PCR Purification kit can be used if Part plasmid does not carry resistance/marker<br />
<br />
'''Assembly'''<br />
<br />
;'''1. Incubation'''<br />
<br />
:*Use 5 µL each E-P-H required for assembly<br />
:*Add x µl 10X NEBuffer 4 to make 1X final concentration<br />
:*Incubate 30-60 minutes at Room Temperature<br />
:*3-part Example: <br />
<br />
::5 µL Acc_RFP E-P-H ([Acc_RFP -E]+[ Acc_RFP -P]+[GFP-H])<br />
::5 µL PLac_LacZ E-P-H ([PLac_LacZ-E]+[PLac_LacZ-P]+[Acc_RFP-H)<br />
::5 µL GFP E-P-H ([GFP-E]+[GFP-P]+[PLac_LacZ-H])<br />
::2 µl NEBuffer 4<br />
::3 µL sterile water<br />
:*If larger number of E-P-H in assembly, adjust 10X NEBuffer 4 and water accordingly<br />
<br />
;'''2. Transformation'''<br />
:*Use 10 µL assembly mix to transform 50 µL NEB 10-beta competent cells C3019H<br />
:*Culture above assembly example on LB agar plates with chloramphenicol and IPTG<br />
:*Incubate overnight at 37°C (further growth at RT if colonies require)<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
</div><br />
<br />
{{Team:Edinburgh/Footer}}</div>TheFlash