Team:Evry/Modeling/vf

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<h1>Aperçu de la partie modélisation</h1>
<h1>Aperçu de la partie modélisation</h1>
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<p> La partie modélisation s'organise autour de 3 axes principaux:
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<h2>Modeling Parts</h2>
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<ul>
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    <li>La cartographie de l'intestin et des interactions: <span style="font-style:italic;">Quels seraient les effets du traitement ?</span>
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    <li>La croissance de la population de bactéries chélatant le fer : <span style="font-style:italic;">Nos bactéries peuvent-elles coloniser le duodénum ? </span>
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<td align="center"><span style="color:#7B0000"><b>Modèle de traitement «flush»</b></span></td>
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    <li>Evaluation des risques : <span style="font-style:italic;">prévision, contrôle, ...</span>
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</ul></p>
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<td align="center"><a href="https://2013.igem.org/Team:Evry/flush_model"><img height="300px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2013/1/1e/OverviewDuodenum.png"/></a>
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Au début de notre projet, nous avons cherché à permettre la chélation du fer dans le duodénum en utilisant des bactéries passeraient via le duodénum et produiraient des sidérophores . C'est pourquoi nous avons voulu prédire la quantité minimale de sidérophores produits suffisante pour réduire l'absorption intestinale du fer. Nous avons d'abord eu à l'esprit une stratégie dynamique proche d'une chasse d'eau (flush), c'est à dire que nous avons privilégié une approche où les bactéries pourraient commencer leur détection de fer et la production de sidérophores avant d'entrer dans le duodénum. Ce modèle qualitatif de <b>traitement «Flush»</b> nous a montré qu'il est théoriquement possible de réduire significativement l'absorption en fer du patient.</b>.
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Les conclusions ont été prometteuses, encourageantes et  rassurantes sur notre stratégie. Par conséquent, nous avons étudié en détail le délai dans la production de sidérophores pour une population bactérienne donnée par un <b>modèle de production d’entérobactine</b>. Cette enquête nous a donné plus de détails sur le temps de production. Malheureusement, les conclusions sont en contradiction avec le modèle qualitatif car le délai est trop important pour être compatible avec une stratégie « Flush ». Ce constat a grandement influencé la partie biologique, en particulier la conception de la gélule . En effet l'absorption du fer est divisée entre le duodénum (60%) et le jéjunum (40%), nous avons donc décidé de retenir les bactéries dans le duodénum et la zone proximale du jéjunum.
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<a href="https://2013.igem.org/Team:Evry/ent_prod"><img height="300px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2013/c/c8/OverviewMetabolic.png"/></a>
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<td align="center"><a href="https://2013.igem.org/Team:Evry/Metabolism_model"><img height="300px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2013/6/65/OverviewFBA.png"/></a>
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Nous voulions aussi savoir combien de sidérophores pouvait être produit et comment nous pourrions améliorer cette technique. Nous avons répondu à cette question grâce à un <b>modèle à l'échelle du génome</b>, en utilisant une approche d'analyse de la balance des flux. Nous avons étudié <b>quels étaient les métabolites de limitation</b> et <b>comment nous pourrions améliorer notre gélule</b>.</b>.
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Comme partie finale de modélisation, nous voulions savoir si notre deuxième stratégie de traitement était viable. Nous avons construis un modèle qui pose le même type de questions que le modèle de traitement « flush ». Les hypothèses sont également les mêmes, mais la méthode est vraiment différente: nous avons utilisé une approche d’automate cellulaire. Ce modèle nous a montré que la nouvelle stratégie peut encore <b>réduire de manière significative l'absorption en fer chez les patients ayant une absorption en fer</b>.  
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<a href="https://2013.igem.org/Team:Evry/pop_scale"><img height="300px" src="https://static.igem.org/mediawiki/2013/a/ae/OverviewPopulation.png"/></a>
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Latest revision as of 03:43, 29 October 2013

Iron coli project

Aperçu de la partie modélisation

Modeling Parts

Modèle de traitement «flush»

Au début de notre projet, nous avons cherché à permettre la chélation du fer dans le duodénum en utilisant des bactéries passeraient via le duodénum et produiraient des sidérophores . C'est pourquoi nous avons voulu prédire la quantité minimale de sidérophores produits suffisante pour réduire l'absorption intestinale du fer. Nous avons d'abord eu à l'esprit une stratégie dynamique proche d'une chasse d'eau (flush), c'est à dire que nous avons privilégié une approche où les bactéries pourraient commencer leur détection de fer et la production de sidérophores avant d'entrer dans le duodénum. Ce modèle qualitatif de traitement «Flush» nous a montré qu'il est théoriquement possible de réduire significativement l'absorption en fer du patient..





Modèle de production d'entérobactine

Les conclusions ont été prometteuses, encourageantes et rassurantes sur notre stratégie. Par conséquent, nous avons étudié en détail le délai dans la production de sidérophores pour une population bactérienne donnée par un modèle de production d’entérobactine. Cette enquête nous a donné plus de détails sur le temps de production. Malheureusement, les conclusions sont en contradiction avec le modèle qualitatif car le délai est trop important pour être compatible avec une stratégie « Flush ». Ce constat a grandement influencé la partie biologique, en particulier la conception de la gélule . En effet l'absorption du fer est divisée entre le duodénum (60%) et le jéjunum (40%), nous avons donc décidé de retenir les bactéries dans le duodénum et la zone proximale du jéjunum.





Modèle à l'échelle du génome

Nous voulions aussi savoir combien de sidérophores pouvait être produit et comment nous pourrions améliorer cette technique. Nous avons répondu à cette question grâce à un modèle à l'échelle du génome, en utilisant une approche d'analyse de la balance des flux. Nous avons étudié quels étaient les métabolites de limitation et comment nous pourrions améliorer notre gélule..





Modèle à l'échelle de la population

Comme partie finale de modélisation, nous voulions savoir si notre deuxième stratégie de traitement était viable. Nous avons construis un modèle qui pose le même type de questions que le modèle de traitement « flush ». Les hypothèses sont également les mêmes, mais la méthode est vraiment différente: nous avons utilisé une approche d’automate cellulaire. Ce modèle nous a montré que la nouvelle stratégie peut encore réduire de manière significative l'absorption en fer chez les patients ayant une absorption en fer.