Team:XMU Software/Project protein/Example of optimization

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Example of optimization

  RFP sequence
biobrick number E1010
sequence input atggcttcctccgaagacgttatcaaagagttcatgcgtttcaaag ttcgtatggaaggttccgttaacggtcacgagttcgaaatcgaagg tgaaggtgaaggtcgtccgtacgaaggtacccagaccgctaaactg aaagttaccaaaggtggtccgctgccgttcgcttgggacatcctgt ccccgcagttccagtacggttccaaagcttacgttaaacacccggc tgacatcccggactacctgaaactgtccttcccggaaggtttcaaa tgggaacgtgttatgaacttcgaagacggtggtgttgttaccgtta cccaggactcctccctgcaagacggtgagttcatctacaaagttaa actgcgtggtaccaacttcccgtccgacggtccggttatgcagaaa aaaaccatgggttgggaagcttccaccgaacgtatgtacccggaag acggtgctctgaaaggtgaaatcaaaatgcgtctgaaactgaaaga cggtggtcactacgacgctgaagttaaaaccacctacatggctaaa aaaccggttcagctgccgggtgcttacaaaaccgacatcaaactgg acatcacctcccacaacgaagactacaccatcgttgaacagtacgaacgtgctgaaggtcgtcactccaccggtgcttaataacgctgatagtgctagtgtagatcgc
sequence output ATGGCCAGCAGCGAGGACGTCATCAAGGAGTTCATGAGGTTTAAGG TCCGCATGGAGGGTTCGGTCAACGGTCATGAATTCGAGATCGAGGG TGAAGGCGAGGGCCGCCCGTACGAAGGTACCCAGACCGCTAAGCTC AAAGTGACGAAGGGAGGGCCATTGCCCTTCGCCTGGGATATTCTCT CTCCCCAGTTCCAGTACGGAAGCAAAGCTTATGTCAAACACCCTGC TGACATTCCTGACTACTTGAAACTATCCTTCCCCGAGGGTTTCAAA TGGGAACGGGTCATGAACTTTGAAGACGGTGGCGTTGTTACTGTTA CCCAGGACTCGTCATTGCAGGACGGTGAATTTATCTACAAGGTCAA ACTACGTGGAACCAACTTCCCCTCCGATGGCCCTGTTATGCAGAAG AAGACTATGGGTTGGGAGGCTTCCACTGAGCGCATGTACCCTGAAG ATGGTGCCCTCAAGGGCGAAATAAAAATGCGCCTAAAGCTTAAAGA CGGCGGCCACTACGATGCTGAGGTTAAAACTACATACATGGCCAAG AAGCCTGTGCAACTACCCGGTGCTTATAAGACGGACATCAAGCTTG ACATTACCTCCCACAATGAAGACTACACTATCGTCGAACAATATGA GCGTGCTGAGGGCAGGCACTCTACCGGTGCTTAGTAGCGGTAATGATGCTAGTGCAGGTCT
protected enzyme cutting site ApaI
GGGCCC
BamHI
GGATCC
Bg1II
AGATCT

codon original numbers original proportion final numbers final proportion
AAA 22 0.09 9 0.04
AAC 4 0.02 3 0.01
AAG 0 0.00 13 0.06
AAT 0 0.00 1 0.00
ACA 0 0.00 1 0.00
ACC 14 0.06 6 0.03
ACG 0 0.00 2 0.01
ACT 0 0.00 5 0.02
AGA 1 0.00 0 0.00
AGC 0 0.00 3 0.01
AGG 0 0.00 3 0.01
AGT 0 0.00 0 0.00
ATA 0 0.00 1 0.00
ATC 9 0.04 5 0.02
ATG 9 0.04 9 0.04
ATT 0 0.00 3 0.01
CAA 1 0.00 2 0.01
CAC 5 0.02 4 0.02
CAG 7 0.03 6 0.03
CAT 0 0.00 1 0.00
CCA 0 0.00 1 0.00
CCC 0 0.00 5 0.02
CCG 12 0.05 1 0.00
CCT 0 0.00 5 0.02
CGA 0 0.00 0 0.00
CGC 1 0.00 4 0.02
CGG 0 0.00 2 0.01
CGT 9 0.04 2 0.01
CTA 0 0.00 4 0.02
CTC 0 0.00 3 0.01
CTG 12 0.05 0 0.00
CTT 0 0.00 2 0.01
GAA 19 0.08 10 0.04
GAC 14 0.06 10 0.04
GAG 3 0.01 12 0.05
GAT 0 0.00 4 0.02
GCA 0 0.00 0 0.00
GCC 0 0.00 4 0.02
GCG 0 0.00 0 0.00
GCT 12 0.05 8 0.03
GGA 0 0.00 3 0.01
GGC 0 0.00 8 0.03
GGG 0 0.00 1 0.00
GGT 23 0.10 11 0.05
GTA 0 0.00 0 0.00
GTC 0 0.00 7 0.03
GTG 0 0.00 2 0.01
GTT 14 0.06 5 0.02
TAA 2 0.01 1 0.00
TAC 11 0.05 8 0.03
TAG 2 0.01 3 0.01
TAT 0 0.00 3 0.01
TCA 0 0.00 1 0.00
TCC 12 0.05 4 0.02
TCG 1 0.00 2 0.01
TCT 0 0.00 3 0.01
TGA 1 0.00 1 0.00
TGC 1 0.00 2 0.01
TGG 3 0.01 3 0.01
TGT 1 0.00 0 0.00
TTA 0 0.00 0 0.00
TTC 10 0.04 7 0.03
TTG 0 0.00 3 0.01
TTT 0 0.00 3 0.01