Team:Evry/Notebook/w9

From 2013.igem.org

(Difference between revisions)
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  <thead>
  <thead>
   <tr>
   <tr>
-
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+
   <th align="center">
     Name
     Name
   </th>
   </th>
-
   <th>
+
   <th align="center">
     Clone
     Clone
   </th>
   </th>
-
   <th>
+
   <th align="center">
     Concentration<br/>
     Concentration<br/>
     (ng/µL)
     (ng/µL)
   </th>
   </th>
-
   <th>
+
   <th align="center">
     260/280
     260/280
   </th>
   </th>
-
   <th>
+
   <th align="center">
     260/230
     260/230
   </th>
   </th>
Line 61: Line 61:
  <tbody>
  <tbody>
   <tr>
   <tr>
-
   <td>
+
   <td rowspan="4" align="center">
-
      
+
     Fur Binding Site n°1
   </td>
   </td>
-
   <td>
+
   <td align="center">
-
      
+
     1
 +
  </td>
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    --
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    --
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  </td>
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    --
 +
  </td>
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  <td align="center">
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    --
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  </td>
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    --
 +
  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
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    --
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    --
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  <td align="center">
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  </td>
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  </td>
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  </td>
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    --
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  </td>
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    Fur Binding Site n°3
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  </td>
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  </td>
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  </td>
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  </td>
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
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  </td>
 +
  </tr>
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    Fur Binding Site n°5
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
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  <td align="center">
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    --
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  </td>
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  </tr>
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  <tr>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
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  <tr>
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  <td align="center">
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    4
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  <td align="center">
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    --
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  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
 
 +
  <tr>
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    Fur Binding Site n°6
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  <td align="center">
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    --
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  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
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  <tr>
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    --
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  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
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  <tr>
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  <td align="center">
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  <td align="center">
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    --
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  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
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  <tr>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
 
 +
  <tr>
 +
  <td rowspan="3" align="center">
 +
    Fur Binding Site n°7
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    1
 +
  </td>
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  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
  <td align="center">
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  </td>
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  <td align="center">
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 +
  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
  <td align="center">
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  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
 
 +
  <tr>
 +
  <td rowspan="4" align="center">
 +
    Fur Binding Site n°8
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    1
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
  <td align="center">
 +
    2
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  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
  <td align="center">
 +
    3
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  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
  <td align="center">
 +
    4
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  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
 
 +
  <tr>
 +
  <td rowspan="4" align="center">
 +
    Fur Binding Site n°9
 +
  </td>
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  <td align="center">
 +
    1
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  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
  <td align="center">
 +
    2
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  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
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  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
  <td align="center">
 +
    3
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  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
  <td align="center">
 +
    4
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  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
 
 +
  <tr>
 +
  <td rowspan="4" align="center">
 +
    Fur Binding Site n°10
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    1
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
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  <tr>
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  </td>
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 +
  </td>
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  <td align="center">
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  </td>
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  </tr>
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  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
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  <tr>
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  </td>
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  <td align="center">
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 +
  </td>
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  <td align="center">
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  </td>
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  <td align="center">
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    --
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  </td>
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 +
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  <td align="center">
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    --
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  </td>
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  <td align="center">
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    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
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    --
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  </td>
 +
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  <td align="center">
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  <td align="center">
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    --
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  <td align="center">
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  <td align="center">
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 +
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 +
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    --
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  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
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  <td align="center">
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 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  </tr>
 +
  <tr>
 +
  <td align="center">
 +
    4
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
 +
  </td>
 +
  <td align="center">
 +
    --
   </td>
   </td>
   </tr>
   </tr>
  </tbody>
  </tbody>
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<b>Note:</b> Fur Binding Sites n°4, 12, 13 and 14 are missing.
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Revision as of 11:28, 13 August 2013

Iron coli project

Week 9: 12th August - 18th August

TECAN

Using the TECAN analysis, we are measuring the capacity of repression of the natural binding site that we extract from the E.coli's genome.

Preculture with M9 medium (with carbenicillin) have been launched for BL21 transformed with our 1st construction:

  • Natural Fur Binding Site of Fec A + sfGFP (clone 1, 2, 3)
  • Natural Fur Binding Site of Fep A + sfGFP (clone 1, 2, 3)
  • Natural Fur Binding Site of Ace B + sfGFP (clone 1, 2, 3)

Notes: Preculture have been made in M9 medium with iron in oder to inhibit the expression of sfGFP.

After one night of culture, time the precultures have been refreshed by diluting them 200 times in M9 medium (with iron and carbenicillin).

2nd construction

Sequencing preparation

Preculture with LB medium (with carbenicillin) have been launched for Top10 transformed with our 2nd construction, then minipreps have been realized using the miniprep kit from Machrey Nagel.

Name Clone Concentration
(ng/µL) 		260/280 260/230
Fur Binding Site n°1 1 -- -- --
2 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --
Fur Binding Site n°2 1 -- -- --
2 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --
Fur Binding Site n°3 2 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --
Fur Binding Site n°5 1 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --
Fur Binding Site n°6 1 -- -- --
2 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --
Fur Binding Site n°7 1 -- -- --
2 -- -- --
3 -- -- --
Fur Binding Site n°8 1 -- -- --
2 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --
Fur Binding Site n°9 1 -- -- --
2 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --
Fur Binding Site n°10 1 -- -- --
2 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --
Fur Binding Site n°11 1 -- -- --
2 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --
Fur Binding Site n°15 1 -- -- --
3 -- -- --
4 -- -- --

Note: Fur Binding Sites n°4, 12, 13 and 14 are missing.

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