Contents 1 Notebook : July 30 1.1 Lab work 1.1.1 A - Aerobic/Anaerobic regulation system 1.1.1.1 Objective : obtaining BBa_K1155004, BBa_K1155005, BBa_K1155006 1.1.1.2 1 - Inactivation of EcoRI/SpeI used of the digestion of PCR products : NarK, NarG, NirB 1.1.1.3 Objective : obtaining BBa_K1155003, BBa_K1155007 1.1.1.4 1 - Tranformation of BBa_K1155003 in DH5α 1.1.1.5 2 - Digestion of BBa_I732017 by EcoRI/PstI 1.1.1.6 3 - Digestion of BBa_I732017 by EcoRI/SpeI 1.1.1.7 4 - Electrophoresis to check the digestion of BBa_I732017 by EcoRI/SpeI 1.1.1.8 5 - Gel purification of digestion of BBa_I732017 by EcoRI/PstI 1.1.2 A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensor system 1.1.2.1 Objective : obtaining FNR and BphR2 proteins 1.1.2.2 1 - PCR of : BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS-BphR2 Part I, FNR Part I, FNR Part II, RBS-FNR Part I 1.1.2.3 2 - Electrophoresis of the PCR products : BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS-BphR2 Part I, FNR Part I, FNR Part II, RBS-FNR Part I 1.1.2.4 3 - PCR of : RBS-BphR2 Part I 1.1.2.5 4 - Gel purification of PCR of : RBS-BphR2 Part I 1.1.3 B - PCB sensor system 1.1.3.1 Objective : obtaining Bba_K1155002 1.1.3.2 1 - Colony PCR of Bba_K1155002 in DH5α 1.1.3.3 2 - Electrophoresis of the Colony PCR of Bba_K1155002 in DH5α

Notebook : July 30

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : obtaining BBa_K1155004, BBa_K1155005, BBa_K1155006

1 - Inactivation of EcoRI/SpeI used of the digestion of PCR products : NarK, NarG, NirB

Xavier

Protocol : Ethanol precipitation

We used 30µL of DNA.

Objective : obtaining BBa_K1155003, BBa_K1155007

1 - Tranformation of BBa_K1155003 in DH5α

Abdou

Protocol : Bacterial transformation

2 - Digestion of BBa_I732017 by EcoRI/PstI

Zhou

Used quantities :

• BBa_I732017 : 10µL
• Buffer FD : 3µL
• PstI FD : 1.5µL
• EcoRI FD : 1.5µL
• H2O : 14µL

We let the digestion 1h30 at 37°C.

3 - Digestion of BBa_I732017 by EcoRI/SpeI

Abdou

We used wrong enzymes so we will do the digestion again.

Used quantities :

• BBa_I732017 : 10µL
• Buffer FD : 2µL
• SpeI FD : 1µL
• EcoRI FD : 1µL
• H2O : 6µL

We let the digestion 1h30 at 37°C.

4 - Electrophoresis to check the digestion of BBa_I732017 by EcoRI/SpeI

Zhou

Well 1 : 10µL of DNA Ladder Well 2 : 10µL of BBa_I732017 digested by EcoRI/SpeI+4µL of 6X loading dye Well 3 : 10µL of BBa_I732017 digested by EcoRI/SpeI+4µL of 6X loading dye Gel : 1%

Expected size :

• RBS-LacZ : 3090bp

We obtain fragments at the right size. We will purify it.

5 - Gel purification of digestion of BBa_I732017 by EcoRI/PstI

Xavier

Protocol : Gel purification

We lost our fragments. We will do the digestion again.

A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensor system

Objective : obtaining FNR and BphR2 proteins

1 - PCR of : BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS-BphR2 Part I, FNR Part I, FNR Part II, RBS-FNR Part I

Abdou, Xavier

Used quantities :

• Bphr2 Part I :
  • Oligo 54F : 4µL
  • Oligo 55R : 4µL
  • Buffer Dream Taq : 40µL
  • DNA of Pseudomonas pseudoalcaligenes : 2µL
  • dNTP : 4µL
  • Dream Taq : 1µL
  • H2O : 146µL

• Bphr2 Part II :
  • Oligo 56F : 4µL
  • Oligo 57R : 4µL
  • Buffer Dream Taq : 40µL
  • DNA Pseudomonas pseudoalcaligenes : 2µL
  • dNTP : 4µL
  • Dream Taq : 1µL
  • H2O : 146µL

• RBS-Bphr2 Part I :
  • Oligo 58F : 4µL
  • Oligo 57R : 4µL
  • Buffer Dream Taq : 40µL
  • DNA Pseudomonas pseudoalcaligenes : 2µL
  • dNTP : 4µL
  • Dream Taq : 1µL
  • H2O : 146µL

• FNR Part I :
  • Oligo 59F : 4µL
  • Oligo 60R : 4µL
  • Buffer Dream Taq : 40µL
  • DNA Escherichia coli : 2µL
  • dNTP : 4µL
  • Dream taq : 1µL
  • H2O : 146µL

• FNR Part II :
  • Oligo 61F : 4µL
  • Oligo 62R : 4µL
  • Buffer Dream Taq : 40µL
  • DNA Escherichia coli : 2µL
  • dNTP : 4µL
  • Dream Taq : 1µL
  • H2O : 146µL

• RBS-FNR Part I :
  • Oligo 63F : 4µL
  • Oligo 62R : 4µL
  • Buffer Dream Taq : 40µL
  • DNA Escherichia coli : 2µL
  • dNTP : 4µL
  • Dream Taq : 1µL
  • H2O : 146µL

• PSB1C3 :
  • Prefixe 51 : 4µL
  • Suffixe 52 : 4µL
  • Buffer Dream Taq : 40µL
  • DNA : 2µL
  • dNTP : 4µL
  • Dream Taq : 1µL
  • H2O : 146µL

PCR Program :

• BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS-BphR2 Part I :

• FNR Part I, FNR Part II, RBS-FNR Part I :

2 - Electrophoresis of the PCR products : BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS-BphR2 Part I, FNR Part I, FNR Part II, RBS-FNR Part I

Well 1 : 6µL of DNA Ladder Well 2 : 5µL of PSB1C3+1µl of 6X loading dye Well 3 : 5µL of PSB1C3+1µl of 6X loading dye Well 4 : 5µL of BphR2 Part I+1µl of 6X loading dye Well 5 : 5µL of BphR2 Part II+1µl of 6X loading dye Well 6 : 5µL of RBS-BphR2 Part I+1µl of 6X loading dye Well 7 : 5µL of FNR Part I+1µl of 6X loading dye Well 8 : 5µL of FNR Part II+1µl of 6X loading dye Well 9 : 5µL of RBS-FNR Part I+1µl of 6X loading dye Gel : 0.8%

Expected size

• BphR2 Part I : 178 kb
• BphR2 Part II : 790 kb
• RBS-BphR2 Part I : 197 kb
• FNR Part I : 597 kb
• FNR Part II : 200 kb
• RBS-FNR Part I : 615 kb
• PSB1C3 : 2070bp

We can't see RBS-BphR2 Part I fragments at the good size. We will make the PCR again with a new PCR Program. We obtain BphR2 Part I, BphR2 Part II, FNR Part I, Fnr Part II and RBS-FNR Part I frangments at the right size thanks to the PCR. We will purify it.

3 - PCR of : RBS-BphR2 Part I

Abdou, Xavier

Used quantities :

• • Oligo 54F : 4µL
  • Oligo 55R : 4µL
  • Buffer Dream Taq : 40µL
  • DNA : 2µL
  • dNTP : 4µL
  • Dream Taq : 1µL
  • H2O : 146µL

PCR Program :

4 - Gel purification of PCR of : RBS-BphR2 Part I

Xavier

Protocol : Gel purification

We lost our fragments. We will do the PCR again.

B - PCB sensor system

Objective : obtaining Bba_K1155002

1 - Colony PCR of Bba_K1155002 in DH5α

Abdou, Xavier

The transformation was good. We will make a Colony PCR.

We used 25 different colonies.

Used quantities :

• Oligo 43F : 0.5µL
• Oligo 44R : 0.5µL
• Buffer Dream Taq : 35µL
• DNA : 2µL
• dNTP : 0.5µL
• Dream Taq : 0.25µL
• H2O : 25µL

2 - Electrophoresis of the Colony PCR of Bba_K1155002 in DH5α

Abdou, Xavier

Well 1 : 6µL of DNA Ladder Well 2 to 26 : 5µL of Bba_K1155002+1µl of 6X loading dye Gel : 0.8%

Expected sizes :

• Bba_K1155002 : 169bp

We obtain fragments at the right size. We will sequence it.

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