Notebook : August 19

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : characterize BBa_K1155000, BBa_K1155004, BBa_K155005, BBa_K1155006

1 - EtOH precipitation of RBS-LacZ-Term and RBS-AmilCP-Term

Nadia

Protocol : EtOH precipitation

We used 20µL of DNA.

Nanodrop :

• RBS-LacZ-Term : 38.4ng/µL
• RBS-AmilCP-Term : 28.7ng/µL

2 - Ligation of NarK, NarG or NirB with RBS-LacZ-Term or RBS-AmilCP-Term in PSB1C3

XiaoJing

Used quantities :

• NirB and RBS-LacZ-Term :
  • NirB : 3µL
  • RBS-LacZ-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NirB and RBS-AmilCP-Term :
  • NirB : 3µL
  • RBS-AmilCP-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NarG and RBS-LacZ-Term :
  • NarG : 3µL
  • RBS-LacZ-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NarG and RBS-AmilCP-Term :
  • NarG : 3µL
  • RBS-AmilCP-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NarK and RBS-LacZ-Term :
  • Nar K : 3µL
  • RBS-LacZ-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NarK and RBS-AmilCP-Term :
  • NarK : 3µL
  • RBS-AmilCP-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

3 - Transformation of NarK, NarG or NirB with RBS-LacZ-Term or RBS-AmilCP-Term in PSB1C3 in DH5α

XiaoJing

Protocol : Bacterial transformation

4- Transformation of MG1655Z1 Δfnr::Km

XioaJing

Protocol : Bacterial transformation

A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensor system

Objective : obtaining FNR and BphR2 proteins

1 - Electrophoresis gel of PCR products : BphR2 Part I

Damir

Well 1 : 6µL DNA Ladder Well 2 : 40µL BphR2 part I+8µl of 6X loading dye Gel : 1%

Expected size :

• BphR2 Part I : 178 kb

2 - Gel purification of PCR products : BphR2 Part I

Damir

Protocol : [http://www.mn-net.com/tabid/1452/default.aspx Gel purification ]

Nanodrop :

• BphR2 Part I: 57.2ng/µL

Lab work, Modeling, Human practices

Meeting with Evry

We spent our afternoon with Evry team. Each team presented its lab, modeling and human practise projet. ..........