Notebook : August 9

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

((((((((((((((((((((====1 - Obtaining Δ fnr E. coli strain by transduction to test our biobricks====

Abdou, Anais, Damir, Nadia, XiaoJing

We do the exprience again because the lysis made on wensday didn't happen. It's probably because the phage strain was too old ( 2001)

Protocol : transduction

Picture: lysed cells comparison. 0µl phage(control): the petri dish is cloudy, bacteria are not lysed. 50µl phage: the petri dish is clear, bacteria are lysed by phages. We used a wild type strain to keep a stock and a Δ fnr E. coli strain to obtain phages that might have encapsidated a Δfnr::Km fragment.

10µl,50µl and 100µl petri dishes are clear so phages are multiplied.

We let the antibiotic over night to select the right strain. ))))))))))))))))))))))

Objective : obtaining Bba_K1155007

1 - Extraction of Bba_K115007 from DH5α

Abdou

Protocol : Hight copy plamid extraction

We used colonies number 10, 14 and 15.

Nanodrop

• Bba_K1155007 in clone 10 : 38ng/µl
• Bba_K1155007 in clone 14: 48.5ng/µl
• Bba_K1155007 in clone 15: 52 ng/µl

A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensing system

Objective : Obtaining FNR and BphR2 proteins

(((((((((====1 - Electrophoresis of the PCR of BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS_BphR2 Part I, FNR Part I, FNR Part II, RBS_FNR Part I====

we have no fragment so we must do again these PCRs )))))))))))))))))

2 - PCR of BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS_BphR2 Part I, FNR Part I, FNR Part II, RBS_FNR Part I

Anaïs, Damir, Nadia, XiaoJing

Used quantities :

• Bphr2 Part I :
  • Oligo 54F : 1µL
  • Oligo 55R : 1µL
  • Buffer Phusion : 10µL
  • DNA of Pseudomonas pseudoalcaligenes : 1µL
  • dNTP : 1µL
  • Phusion : 0.5µL
  • H2O : 35.5µL

• Bphr2 Part II :
  • Oligo 56F : 1µL
  • Oligo 57R : 1µL
  • Buffer Phusion : 10µL
  • DNA Pseudomonas pseudoalcaligenes : 1µL
  • dNTP : 1µL
  • Phusion : 0.5µL
  • H2O : 35.5µL

• RBS-Bphr2 Part I :
  • Oligo 58F : 1µL
  • Oligo 57R : 1µL
  • Buffer Phusion : 10µL
  • DNA Pseudomonas pseudoalcaligenes : 1µL
  • dNTP : 1µL
  • Phusion : 0.5µL
  • H2O : 35.5µL

• FNR Part I :
  • Oligo 59F : 1µL
  • Oligo 60R : 1µL
  • Buffer Phusion : 10µL
  • DNA Escherichia coli : 1µL
  • dNTP : 1µL
  • Phusion : 0.5µL
  • H2O : 35.5µL

• FNR Part II :
  • Oligo 61F : 1µL
  • Oligo 62R : 1µL
  • Buffer Phusion : 10µL
  • DNA Escherichia coli : 1µL
  • dNTP : 1µL
  • Phusion : 0.5µL
  • H2O : 35.5µL

• RBS-FNR Part I :
  • Oligo 63F : 1µL
  • Oligo 62R : 1µL
  • Buffer Phusion : 10µL
  • DNA Escherichia coli : 1µL
  • dNTP : 1µL
  • Phusion : 0.5µL
  • H2O : 35.5µL

PCR Program :

...