Notebook : August 26

summary

• Digestion for promoter fnr(repressor and activator) in PSB1C3 by ensyme SpeI and PstI.

• Ligation for promoter fnr(repressor or activator) in PSB1C3 digested by ensyme SPE I and PstI and RBS_LacZ+Term_or RBS_AmilCP+Term digested by PstI and XbeI.Transformation and incubated over night.

• 3 Gibson assembly for RBS_BphR2_part1, BphR2_part2 and plasmid PSB1C3 and FNR_part1, FNR part1 and plasmid PSB1C3 and RBS_FNR part1, FNR_part2 and plasmid PSB1C3.Transformation and incubated over night.

lab work

For promoter fnr(repressor)+ RBS_LacZ+Term_PSB1C3  :

For promoter fnr(repressor)+ RBS_AmilCP+Term_PSB1C3  :

For promoter fnr(activator)nirB clone 6+ RBS_LacZ+Term_PSB1C3  :

For promoter fnr(activator)nirB clone 6+ RBS_AmilCP+Term_PSB1C3  :

Transformation these 4 ligation and spread in 8 LB plates with Chlorenphenicol . Incubate at 37°C over night.

• A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensing system
  • 1 - Gibson assembly.

• RBS_BphR2_part1, BphR2_part2 and plasmid PSB1C3
• FNR_part1, FNR part1 and plasmid PSB1C3
• RBS_FNR part1, FNR_part2 and plasmid PSB1C3

Sample Volume:

These 3 mixture is incubated at 50°C for up to one hour. Transformation and spread in 6 LB plates with Chlorenphenicol . Incubate at 37°C over night.

Notebook : August 20

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : characterize Bba_K1155000, Bba_K1155004, Bba_K1155005, Bba_K1155006

1 - Digestion of Bba_K1155000, Bba_K1155004, Bba_K1155005, Bba_K1155006 by SpeI and PstI

XiaoJing

• Bba_K1155000 :
  • DNA : 14µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL

• Bba_K1155004 clone 6 :
  • DNA : 14µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL

• Bba_K1155004 clone 7 :
  • DNA : 14µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL

• Bba_K1155005 clone 6 :
  • DNA : 7µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 7µL

• Bba_K1155005 clone 7 :
  • DNA : 14µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL

• Bba_K1155006 clone 6 :
  • DNA : 4µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 10µL

Bba_K1155004 already digested by SpeI :

• • DNA : 13µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 3µL

Bba_K1155005 already digested by SpeI :

• • DNA : 10µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 6µL

• Bba_K1155006 already digested by SpeI :
  • DNA : 9µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 7µL

We let digestions 30 minutes at 37°C.

2 - Denaturation of SpeI and PstI used for the digestion of Bba_K1155000, Bba_K1155004, Bba_K1155005, Bba_K1155006

XiaoJing

Protocol : Ethanol precipitation

We used 20µL of DNA.

Nanodrop :

• Pfnr : 91.8ng/µl
• NarK clone 6 : 19.8ng/µl
• Nark already digested by SpeI : 15.1ng/µl
• NarG clone 6 : 13.4ng/µl
• NarG clone 7 : 103.9ng/µl
• narG already digested by SpeI : 17.4ng/µl
• NirB clone 6 : 46ng/µl
• NirB clone 7 : 61.6ng/µl
• NirB already digested by SpeI : 16.1ng/µl

3 - Ligation of Pfnr, NirB clone 6 with RBS-LacZ-Term or RBS-Amil CP-Term in PSB1C3

XiaoJing