Notebook : August 26

summary

• Digestion for promoter fnr(repressor and activator) in PSB1C3 by ensyme SpeI and PstI.

• Ligation for promoter fnr(repressor or activator) in PSB1C3 digested by ensyme SPE I and PstI and RBS_LacZ+Term_or RBS_AmilCP+Term digested by PstI and XbeI.Transformation and incubated over night.

• 3 Gibson assembly for RBS_BphR2_part1, BphR2_part2 and plasmid PSB1C3 and FNR_part1, FNR part1 and plasmid PSB1C3 and RBS_FNR part1, FNR_part2 and plasmid PSB1C3.Transformation and incubated over night.

lab work

• A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensing system
  • 1 - Gibson assembly.

Transformation and spread in 6 LB plates with Chlorenphenicol . Incubate at 37°C over night.

Notebook : August 20

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : characterize Bba_K1155000, Bba_K1155004, Bba_K1155005, Bba_K1155006

1 - Digestion of Bba_K1155000, Bba_K1155004, Bba_K1155005, Bba_K1155006 by SpeI and PstI

XiaoJing

• Bba_K1155000 :
  • DNA : 14µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL

• Bba_K1155004 clone 6 :
  • DNA : 14µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL

• Bba_K1155004 clone 7 :
  • DNA : 14µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL

• Bba_K1155005 clone 6 :
  • DNA : 7µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 7µL

• Bba_K1155005 clone 7 :
  • DNA : 14µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL

• Bba_K1155006 clone 6 :
  • DNA : 4µL
  • SpeI FD : 2µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 10µL

Bba_K1155004 already digested by SpeI :

• • DNA : 13µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 3µL

Bba_K1155005 already digested by SpeI :

• • DNA : 10µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 6µL

• Bba_K1155006 already digested by SpeI :
  • DNA : 9µL
  • PstI FD : 2µL
  • Buffer FD : 2µL
  • H2O : 7µL

We let digestions 30 minutes at 37°C.

2 - Denaturation of SpeI and PstI used for the digestion of Bba_K1155000, Bba_K1155004, Bba_K1155005, Bba_K1155006

XiaoJing

Protocol : Ethanol precipitation

We used 20µL of DNA.

Nanodrop :

• Pfnr : 91.8ng/µL
• NarK clone 6 : 19.8ng/µL
• Nark already digested by SpeI : 15.1ng/µL
• NarG clone 6 : 13.4ng/µL
• NarG clone 7 : 103.9ng/µL
• narG already digested by SpeI : 17.4ng/µL
• NirB clone 6 : 46ng/µL
• NirB clone 7 : 61.6ng/µL
• NirB already digested by SpeI : 16.1ng/µL

3 - Ligation of Pfnr, NirB clone 6 with RBS-LacZ-Term or RBS-Amil CP-Term in PSB1C3

XiaoJing

Used quantities :

NirB clone 6 with RBS-LacZ or RBS-Amil CP, Pfnr with RBS-LacZ or RBS-Amil CP :

• RBS-LacZ-Term or RBS-Amil CP-Term : 3µL
• Pfnr or NirB clone 6 : 5µL
• Buffer ligase : 2µL
• Ligase T4 : 2µL
• H20 : 8µL

We let the ligation 1h at 37°C.

4 - Transformation of ligation of Pfnr and NirB with RBS-LacZ-Term or RBS-Amil CP-Term in PSB1C3

XiaoJing

Protocol : Bacterial transformation

A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensor system

Objective : obtaining FNR and BphR2

1 - Gibson assembly

XiaoJing

Used quantities :

• RBS-BphR2 :
  • PSB1C3 : 3µL
  • BphR2 Part I : 1µL
  • BphR2 Part II : 1µL
  • Gibson mix : 15µL ???????????????

• FNR :
  • PSB1C3 : 3µL
  • FNR Part I : 1µL
  • FNR Part II : 1µL
  • Gisbon mix : 15µL ???????????????

• RBS-FNR :
  • PSB1C3 : 3µL
  • RBS-FNR Part I : 1µL
  • FNR Part II : 1µL
  • Gibson mix : 15µL ????????????

We let these mix at 50°C during 1h.

2 - Transformation of FNR, RBS-FNR and RBS-BphR2 in DH5α

XiaoJing

Protocol : Bacterial transformation