Notebook : July 26

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : obtaining BBa_K1155003

1 - Denaturation of EcoRI/SpeI used for the digestion of PCR products : RBS-AmilCP

Abdou

Protocol : Ethanol precipitation

We used 90µL of DNA. At the end, we mix our DNA with 20µL of water.

2 - Ligation of RBS-AmilCP and Term-PSB1C3

Xavier

Used quantities :

• RBS-AmilCP : 2µL
• Term in PSB1C3 : 2.5µL
• Buffer : 1µL
• Ligase : 1µL
• H2O : 3.5µL

Objective : obtaining BBa_K1155004, BBa_K1155005, BBa_K1155006

1 - Electrophoresis of PCR products : NarK, NarG, NirB

Abdou

Well 1 : 5µL of NirB+1µL of 6X loading dye Well 2 : 5µL of NirB+1µL of 6X loading dye LA MEME CHOSE ??????? Well 3 : 5µL of NarG+1µL of 6X loading dye Well 4 : 5µL of NarG+1µL of 6X loading dye Well 5 : 6µL DNA Ladder Well 6 : 5µL of NarK+1µL of 6X loading dye NUMERO 4 ??????????????? Well 7 : 5µL of NarK+1µL of 6X loading dye Well 8 : 5µL of NarK+1µL of 6X loading dye Gel : 1%

Expected sizes :

• NarK, NarG, NirB : ...

2 - PCR of NarK, NarG, NirB

Abdou, Xavier

Used quantities :

• NarK :
  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo ... : 2µL
  • Oligo ... : 2µL
  • Concentrated DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

• NarG :
  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo ... : 2µL
  • Oligo ... : 2µL
  • Concentrated DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

• NirB :
  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo ... : 2µL
  • Oligo ... : 2µL
  • Concentrated DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

PCR Program :

3 - Electrophoresis of PCR products : NarK, NarG, NirB

Abdou, Xavier

Well 1 : 2µL of NirB+3µL H2O+1µL of 6X loading dye Well 2 : 2µL of NirB+3µL H2O+1µL of 6X loading dye Well 3 : 5µL of NarK+3µL H2O+1µL of 6X loading dye Well 4 : 5µL of NarK+3µL H2O+1µL of 6X loading dye Well 5 : 6µL DNA Ladder Well 6 : 5µL of NarG+3µL H2O+1µL of 6X loading dye Well 7 : 5µL of NarG+3µL H2O+1µL of 6X loading dye Gel : 1.2%

Expected sizes :

• NarK, NarG, NirB : ...

4 - Gel purification of PCR products : NarK, NarG, NirB

Xavier

Protocol : [http://www.mn-net.com/tabid/1452/default.aspx Gel purification ]

At the end we mix our DNA in 20µL of H2O.

5 - Digestion of PCR products : NarK, NarG, NirB by EcoRI/PstI

Abdou

Quantities used :

• NarK, NarG, NirB : 10µL
• Buffer FD : 3µL
• EcoRI FD : 1.5µL
• PstI FD : 1.5µL
• H2O : 14µL

We let the digestion at 37°C during 1h30 and then at -20°C.

B - PCB sensor system

Objective : obtaining BBa_K1155002

1 - Tranformation of BBa_K1155002 in DH5α

Abdou, Xavier

Protocol : Bacterial tranformation