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Team:Evry/pop scale
From 2013.igem.org
Overview of population scale model
La Figure 1 représente l'automate qui modélise la bactérie. Cet automate à deux parties : la production d'enterobactines et la croissance. La croissance est décrit dans la Figure 1 par un
The bacteria produces enterobactins. This production is ruled by a activator. Cette activateur est une fonction palier and Siderophores chelate iron. Iron arrive in the environment by pulse every second. This pulse is constant. Iron is reduce by body and bacteria absorption. According to the hypothesis, we haven't iron auto-regulation. And the variation of Iron uptake is proportional to the iron quantity.
Introduction
Le modèle de production d'enterobactine nous a montré que celles ci prenaient trop de temps à être produite pour stratégie de flush. Les biologistes ont donc changé de méthode qui met à profit un gel qui bloque les bactéries au niveau du jejunum. Nous avons donc décidé de faire un nouveau modèle similaire au modèle du duodenum.
Observations
Goals
- No regulation of the patient's iron absorption
- Constant iron flow in the intestine
- Homogeneous fluid
- The bacterial natural absorption is insignificant compared to the chelation
- The patient ingests 20mg of iron per day (Guideline Daily Amounts)
Materials and methods
This model is based on cellular automaton algorithm. Les bactéries et les Enterobactines sont des automates cellulaires.
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La Figure 1 représente l'automate qui modélise la bactérie. Cet automate à deux parties : la production d'enterobactines et la croissance. La croissance est décrit dans la Figure 1 par un
The bacteria produces enterobactins. This production is ruled by a activator. Cette activateur est une fonction palier and Siderophores chelate iron. Iron arrive in the environment by pulse every second. This pulse is constant. Iron is reduce by body and bacteria absorption. According to the hypothesis, we haven't iron auto-regulation. And the variation of Iron uptake is proportional to the iron quantity.
Parameters tuning :
Results
Parameter values
| Name | Value | Unit | Description | Reference |
| mu | 0.2 | s-1 | Iron absorption rate by the body | |
| IronQuantity0 | 4.5.10-9 | mol-1 | Iron pulse value | |
| Sact | 10**-9 | m | Duodenum length | [3] |
| α | 0.3 | s-1 | Duodenum absorption rate | tuned |
| σ | 0.72 | s-1 | Regulation coefficient | tuned |
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