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Team:Evry/pop scale
From 2013.igem.org
Overview of population scale model
La figure 1 représente les influences entre les variables d'état du système.
La Figure 2 représente l'automate qui modélise la bactérie. Cet automate à deux parties : la production d'enterobactines et la croissance.
The bacteria produces enterobactins. This production is ruled by a activator. Cette activateur est une fonction palier de 0 à 1 avec un seuil Ka fixer grace au modèle du senseur, dont voici l'expression :
Introduction
Le modèle de production d'enterobactine nous a montré que celles ci prenaient trop de temps à être produite pour stratégie de flush. Les biologistes ont donc changé de méthode qui met à profit un gel qui bloque les bactéries au niveau du jejunum. Nous avons donc décidé de faire un nouveau modèle similaire au modèle du duodenum.
Observations
Goals
- No regulation of the patient's iron absorption
- Constant iron flow in the intestine
- Homogeneous fluid
- The bacterial natural absorption is insignificant compared to the chelation
- The patient ingests 20mg of iron per day (Guideline Daily Amounts)
Materials and methods
This model is based on cellular automaton algorithm. Les bactéries et les Enterobactines sont des automates cellulaires.
Figure 1 : Influence graph.
La figure 1 représente les influences entre les variables d'état du système.
Figure 2 : Graph of bacteria automaton.
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La Figure 2 représente l'automate qui modélise la bactérie. Cet automate à deux parties : la production d'enterobactines et la croissance.
The bacteria produces enterobactins. This production is ruled by a activator. Cette activateur est une fonction palier de 0 à 1 avec un seuil Ka fixer grace au modèle du senseur, dont voici l'expression :
Enterobactin chelate iron. For this automoton, we have one rules : One Enterobactin atom can chelate one Iron Ion
L'automate est tout de même conditionné par un une probabilité de rencontre :
.
Parameters tuning :
Results
Parameter values
| Name | Value | Unit | Description | Reference |
| mu | 0.2 | s-1 | Iron absorption rate by the body | |
| IronQuantity0 | 4.5.10-9 | mol-1 | Iron pulse value | |
| Sact | 10**-9 | m | Duodenum length | [3] |
| α | 0.3 | s-1 | Duodenum absorption rate | tuned |
| σ | 0.72 | s-1 | Regulation coefficient | tuned |
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