Notebook : August 19

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : obtaining BBa_K1155007

1 - Sequence analysis of BBa_K1155007

N'Guyen

Objective : characterize BBa_K1155000, BBa_K1155004, BBa_K155005, BBa_K1155006

1 - EtOH precipitation of RBS-LacZ-Term and RBS-AmilCP-Term

Nadia

Protocol : EtOH precipitation

We used 20µL of DNA.

Nanodrop :

• RBS-LacZ-Term : 38.4ng/µL
• RBS-AmilCP-Term : 28.7ng/µL

2 - Ligation of NarK, NarG or NirB with RBS-LacZ-Term or RBS-AmilCP-Term in pSB1C3

XiaoJing

Used quantities :

• NirB and RBS-LacZ-Term :
  • NirB : 3µL
  • RBS-LacZ-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NirB and RBS-AmilCP-Term :
  • NirB : 3µL
  • RBS-AmilCP-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NarG and RBS-LacZ-Term :
  • NarG : 3µL
  • RBS-LacZ-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NarG and RBS-AmilCP-Term :
  • NarG : 3µL
  • RBS-AmilCP-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NarK and RBS-LacZ-Term :
  • Nar K : 3µL
  • RBS-LacZ-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

• NarK and RBS-AmilCP-Term :
  • NarK : 3µL
  • RBS-AmilCP-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

3 - Transformation of NarK, NarG or NirB with RBS-LacZ-Term or RBS-AmilCP-Term in pSB1C3 in DH5α

XiaoJing

Protocol : Bacterial transformation

4- Make competent cells of strain MG1655Z1 Δfnr::Km

XiaoJing

Protocol : Preparation of super competent cells

5- Transformation of MG1655Z1 Δfnr::Km

XiaoJing

We transformed pcp20 plasmid into strain MG1655Z1 Δfnr::Km. Then we spread in LB and ampicillin antibiotic plate. We need to incubate it at 30°C for two days.

Protocol : Bacterial transformation

A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensor system

Objective : obtaining FNR and BphR2 proteins

1 - Electrophoresis gel of PCR products : BphR2 Part I

Damir

Well 1 : 6µL DNA Ladder Well 2 : 40µL BphR2 part I + 8µl of 6X loading dye Gel : 1%

Expected size :

• BphR2 Part I : 178 kb

2 - Gel purification of PCR products : BphR2 Part I

Damir

Protocol : [http://www.mn-net.com/tabid/1452/default.aspx Gel purification ]

Nanodrop :

• BphR2 Part I: 57.2ng/µL

Lab work, Modeling, Human practices

Meeting with Evry

We spent our afternoon with Evry team. Each team presented its lab, modeling and human practices project. We learned informations to improve our human practices project. We discussed about safety and gave them some advices about the pills they would make.