Notebook : July 31

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : obtaining BBa_K1155004, BBa_K1155005, BBa_K155006

1 -Digestion of pSB1C3 by EcoRI/PstI

Abdou

Used quantities :

• pSB1C3 : 16µL
• Buffer FD : 2µL
• EcoRI FD : 1µL
• PstI FD : 1µL

We let our digestion 1h30 at 37°C.

2 - Inactivation of EcoRI/PstI used for the digestion of pSB1C3

Abdou

Protocol : Ethanol precipitation

3 -Ligation of NarK, NarG, NirB in pSB1C3

XiaoJing

Used quantities :

• Buffer : 2µL
• NarK, NarG, NirB : 1µL
• pSB1C3 : 2µL
• Ligase : 1µL
• H2O : 14µL

4 -Electrophoresis to check the ligation of NarK, NarG, NirB in pSB1C3

XiaoJing

Well 1 : 6µL of DNA Ladder Well 2 : 5µL of NirB+1µL 6X loading dye Well 3 : 5µL of NirB+1µL 6X loading dye Well 4 : 5µL of NarG+1µL 6X loading dye Well 5 : 5µL of NarG+1µL 6X loading dye Well 6 : 5µL of NarK+1µL 6X loading dye Well 7 : 5µL of NarK+1µL 6X loading dye Gel : 0.8%

Expected sizes :

• Nar K : 200bp
• Nar G : 200bp
• Nir B : 200bp

5 -Transformation of BBa_K1155004, BBa_K1155005, BBa_K1155006

Anaïs

Protocol : Bacterial transformation

Objective : obtaining BBa_K1155007

1 - Digestion of BBa_I732017 by EcoRI/SpeI

XiaoJing

Used quantities :

• BBa_I732017 : 41µL
• Buffer FD : 5µL
• EcoRI : 2µL
• SpeI : 2µL

We let the digestion at 1h30 at 37°C.

2 -Electrophoresis to check the digestion of BBa_I732017 by EcoRI/SpeI

XiaoJing

Well 1 : 6µL of DNA Ladder Well 2 et 3 : 40µL of BBa_I732017 digested by EcoRI/SpeI+8µL 6X loading dye Gel : 0.8%

Expected sizes :

• RBS-LacZ : 3093 bp
• pSB1A2 : 2079 bp

3 - Gel purification of digestion of RBS-LacZ

Xavier

Protocol : Gel purification