Team:Paris Saclay/Notebook/August/19

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*Well 1 : 6µL DNA Ladder
*Well 1 : 6µL DNA Ladder
-
*Well 2 : 5µL DNA + 1µl of 6X loading dye
+
*Well 2 : 40µL DNA + 8µl of 6X loading dye
*Gel : 1%
*Gel : 1%
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Revision as of 14:11, 17 September 2013

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Contents

Notebook : August 19

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : to obtain Characterize Bba_K1155000, Bba_K1155004, Bba_K155005, Bba_K1155006

1 - Gel purification of the digestion of Bba_K1155003 and Bba_K1155007 by XBaI/PstI

Nadia

Protocol : Gel purification

Nanodrop :

  • RBS-LacZ-Term : 59.6ng/µL
  • RBS-AmilCP-Term : 21.3ng/µL

Concentrations are very low so we try to precipitate the DNA again.

2 - EtOH precipitation of RBS-LacZ-Term and RBS-AmilCP-Term

Nadia, XiaoJing

Protocol : EtOH precipitation

We used 20µL of DNA.

Nanodrop :

  • RBS-LacZ-Term : 38.4ng/µL
  • RBS-AmilCP-Term : 28.7ng/µL

CONCLUSION

3 - Ligation of NarK, NarG or NirB with RBS-LacZ-Term or RBS-AmilCP-Term in PSB1C3

XiaoJing

Used quantities :

  • NirB and RBS-LacZ-Term :
  • NirB : 3µL
  • RBS-LacZ-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL


  • NirB and RBS-AmilCP-Term :
  • NirB : 3µL
  • RBS-AmilCP-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL


  • NarG and RBS-LacZ-Term :
  • NarG : 3µL
  • RBS-LacZ-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL


  • NarG and RBS-AmilCP-Term :
  • NarG : 3µL
  • RBS-AmilCP-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL


  • NarK and RBS-LacZ-Term :
  • Nar K : 3µL
  • RBS-LacZ-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL


  • NarK and RBS-AmilCP-Term :
  • NarK : 3µL
  • RBS-AmilCP-Term : 1µL
  • Buffer : 2µL
  • H2O : 13µL
  • Ligase : 1µL

3 - Transformation of NarK, NarG or NirB with RBS-LacZ-Term or RBS-AmilCP-Term in PSB1C3 in DH5α

XiaoJing

Protocol : Bacterial transformation


A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensor system

Objective : obtaining FNR and BphR2 proteins

1 - Electrophoresis gel of PCR products : BphR2 Part I

Damir

[[]]
  • Well 1 : 6µL DNA Ladder
  • Well 2 : 40µL DNA + 8µl of 6X loading dye
  • Gel : 1%

Expected size :

  • BphR2 Part I : 178 kb

We obtain a frangment at the right size. We can purify it.

2 - Gel purification of PCR products : BphR2 Part I

Damir

Protocol : Gel purification

Nanodrop :

  • BphR2 Part I: 57.2ng/µL

CONCLUSION ON A TOUS PERDU D'OU ON RECOMMENCE ENSUITE ??????

Meeting with Evry

PSevry2.jpg

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