Team:Paris Saclay/Notebook/July/30

From 2013.igem.org

(Difference between revisions)
Line 39: Line 39:
** Oligo 54F : 4 µL
** Oligo 54F : 4 µL
** Oligo 55R :4 µL
** Oligo 55R :4 µL
-
** Buffer .... : 40 µL
+
** Buffer Dream Taq : 40 µL
** DNA : 2 µL
** DNA : 2 µL
** dNTP : 4 µL
** dNTP : 4 µL
-
** .... : 1 µL
+
** Dream Taq : 1 µL
** H2O : 146 µL
** H2O : 146 µL
Line 48: Line 48:
** Oligo 54F : 4 µL
** Oligo 54F : 4 µL
** Oligo 55R :4 µL
** Oligo 55R :4 µL
-
** Buffer .... : 40 µL
+
** Buffer Dream Taq : 40 µL
** DNA : 2 µL
** DNA : 2 µL
** dNTP : 4 µL
** dNTP : 4 µL
-
** .... : 1 µL
+
** Dream Taq : 1 µL
** H2O : 146 µL
** H2O : 146 µL
Line 57: Line 57:
** Oligo 54F : 4 µL
** Oligo 54F : 4 µL
** Oligo 55R :4 µL
** Oligo 55R :4 µL
-
** Buffer .... : 40 µL
+
** Buffer Dream Taq : 40 µL
** DNA : 2 µL
** DNA : 2 µL
** dNTP : 4 µL
** dNTP : 4 µL
-
** .... : 1 µL
+
** Dream Taq : 1 µL
** H2O : 146 µL
** H2O : 146 µL
Line 66: Line 66:
** Oligo ... : 4 µL
** Oligo ... : 4 µL
** Oligo ... :4 µL
** Oligo ... :4 µL
-
** Buffer .... : 40 µL
+
** Buffer Dream Taq : 40 µL
** DNA : 2 µL
** DNA : 2 µL
** dNTP : 4 µL
** dNTP : 4 µL
-
** .... : 1 µL
+
** Dream taq : 1 µL
** H2O : 146 µL
** H2O : 146 µL
Line 75: Line 75:
** Oligo ... : 4 µL
** Oligo ... : 4 µL
** Oligo ... :4 µL
** Oligo ... :4 µL
-
** Buffer .... : 40 µL
+
** Buffer Dream Taq : 40 µL
** DNA : 2 µL
** DNA : 2 µL
** dNTP : 4 µL
** dNTP : 4 µL
-
** .... : 1 µL
+
** Dream Taq : 1 µL
** H2O : 146 µL
** H2O : 146 µL
Line 84: Line 84:
** Oligo ... : 4 µL
** Oligo ... : 4 µL
** Oligo ... :4 µL
** Oligo ... :4 µL
-
** Buffer .... : 40 µL
+
** Buffer Dream Taq : 40 µL
** DNA : 2 µL
** DNA : 2 µL
** dNTP : 4 µL
** dNTP : 4 µL
-
** .... : 1 µL
+
** Dream Taq : 1 µL
** H2O : 146 µL
** H2O : 146 µL
Line 93: Line 93:
** Prefixe ... : 4 µL
** Prefixe ... : 4 µL
** Suffixe ... :4 µL
** Suffixe ... :4 µL
-
** Buffer .... : 40 µL
+
** Buffer Dream Taq : 40 µL
** DNA : 2 µL
** DNA : 2 µL
** dNTP : 4 µL
** dNTP : 4 µL
-
** .... : 1 µL
+
** Dream Taq : 1 µL
** H2O : 146 µL
** H2O : 146 µL

Revision as of 19:34, 15 September 2013

Navigation Home Team Project Labwork Notebook Human practices

Contents

Notebook : July 30

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : obtaining Bba_K1155004, Bba_K1155005, Bba_K1155006

1 - Denaturation of EcoRI/SpeI used of the digestion of PCR products : NarK, NarG, NirB

Xavier

Protocol : Ethanol precipitation

We used 30µL of DNA.

Objective : obtaining Bba_K1155003

1 - Tranformation of RBS-AmilCP in PSB1C3 in DH5α

Abdou

Protocol : Bacterial transformation


A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensor system

Objective : obtaining FNR and BphR2 proteins (Gibson assembly)

1 - PCR of : BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS-BphR2 Part I, FNR Part I, FNR Part II, RBS-FNR Part I

Abdou, Xavier

Used quantities :

  • Bphr2 Part I :
    • Oligo 54F : 4 µL
    • Oligo 55R :4 µL
    • Buffer Dream Taq : 40 µL
    • DNA : 2 µL
    • dNTP : 4 µL
    • Dream Taq : 1 µL
    • H2O : 146 µL
  • Bphr2 Part II :
    • Oligo 54F : 4 µL
    • Oligo 55R :4 µL
    • Buffer Dream Taq : 40 µL
    • DNA : 2 µL
    • dNTP : 4 µL
    • Dream Taq : 1 µL
    • H2O : 146 µL
  • RBS-Bphr2 Part I :
    • Oligo 54F : 4 µL
    • Oligo 55R :4 µL
    • Buffer Dream Taq : 40 µL
    • DNA : 2 µL
    • dNTP : 4 µL
    • Dream Taq : 1 µL
    • H2O : 146 µL
  • FNR Part I :
    • Oligo ... : 4 µL
    • Oligo ... :4 µL
    • Buffer Dream Taq : 40 µL
    • DNA : 2 µL
    • dNTP : 4 µL
    • Dream taq : 1 µL
    • H2O : 146 µL
  • FNR Part II :
    • Oligo ... : 4 µL
    • Oligo ... :4 µL
    • Buffer Dream Taq : 40 µL
    • DNA : 2 µL
    • dNTP : 4 µL
    • Dream Taq : 1 µL
    • H2O : 146 µL
  • RBS-FNR Part I :
    • Oligo ... : 4 µL
    • Oligo ... :4 µL
    • Buffer Dream Taq : 40 µL
    • DNA : 2 µL
    • dNTP : 4 µL
    • Dream Taq : 1 µL
    • H2O : 146 µL
  • PSB1C3 :
    • Prefixe ... : 4 µL
    • Suffixe ... :4 µL
    • Buffer Dream Taq : 40 µL
    • DNA : 2 µL
    • dNTP : 4 µL
    • Dream Taq : 1 µL
    • H2O : 146 µL

PCR Program :

  • BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS-BphR2 Part I :

PsPCRBphR23007.jpg

  • FNR Part I, FNR Part II, RBS-FNR Part I :

PsPCRFNR3007.jpg

  • PSB1C3 :

400px

2 - Electrophoresis of the PCR products : BphR2 Part I, BphR2 Part II, RBS-BphR2 Part I, FNR Part I, FNR Part II, RBS-FNR Part I

File:Ps.jpg|350px]]
  • Well 1 : 6µL of DNA Ladder
  • Well 2 : 5µL of PSB1C3+1µl of 6X loading dye
  • Well 3 : 5µL of PSB1C3+1µl of 6X loading dye
  • Well 4 : 5µL of BphR2 Part I+1µl of 6X loading dye
  • Well 5 : 5 µL of BphR2 Part II+1µl of 6X loading dye
  • Well 6 : 5µL of RBS-BphR2 Part I+1µl of 6X loading dye
  • Well 7 : 5µL of FNR Part I+1µl of 6X loading dye
  • Well 8 : 5µL of FNR Part II+1µl of 6X loading dye
  • Well 9 : 5µL of RBS-FNR Part I+1µl of 6X loading dye
  • Gel : 0.8%

Expected size

  • BphR2 Part I : 178 kb
  • BphR2 Part II : 790 kb
  • RBS-BphR2 Part I : 197 kb
  • FNR Part I : 597 kb
  • FNR Part II : 200 kb
  • RBS-FNR Part I : 615 kb
  • PSB1C3 : ...

We can't see RBS-BphR2 Part I fragments at the good size. We will make the PCR again with a new PCR Program. We obtain BphR2 Part I, BphR2 Part II, FNR Part I, Fnr Part II and RBS-FNR Part I frangments at the right size thanks to the PCR. We will purify it.

3 - PCR of : RBS-BphR2 Part I

Abdou, Xavier

Used quantities :

    • Oligo 54F : 4 µL
    • Oligo 55R :4 µL
    • Buffer .... : 40 µL
    • DNA : 2 µL
    • dNTP : 4 µL
    • .... : 1 µL
    • H2O : 146 µL

PCR Program :

PsPCRBSBphR23007.jpg

4 - Gel purification of PCR of : RBS-BphR2 Part I

????????


B - PCB sensor system

Objective : obtaining Bba_K1155002

1 - Colony PCR of Bba_K1155002 in DH5α

Abdou, Xavier

Used quantities :


Retrieved from "http://2013.igem.org/Team:Paris_Saclay/Notebook/July/30"