Team:Paris Saclay/Notebook/July/25

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* Well 1 : 6µL of DNA 6X loading dye
* Well 1 : 6µL of DNA 6X loading dye
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* Gel : 1%
* Gel : 1%
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Xavier
Xavier
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* dNTP : 1µL
* dNTP : 1µL
* Oligo RBS-Amil CP : 2µL
* Oligo RBS-Amil CP : 2µL
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* Oligo suffix PSB1C3 : 2µL
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* Oligo suffix pSB1C3 : 2µL
* DNA : 2µL
* DNA : 2µL
* Phusion : 0.25µL
* Phusion : 0.25µL
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** Buffer phusion : 10µL
** Buffer phusion : 10µL
** dNTP : 1µL
** dNTP : 1µL
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** Oligo ... : 2µL
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** Oligo 47 : 2µL
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** Oligo ... : 2µL
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** Oligo 48 : 2µL
** DNA : 2µL
** DNA : 2µL
** Phusion : 0.25µL
** Phusion : 0.25µL
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** Buffer phusion : 10µL
** Buffer phusion : 10µL
** dNTP : 1µL
** dNTP : 1µL
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** Oligo ... : 2µL
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** Oligo 49 : 2µL
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** Oligo ... : 2µL
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** Oligo 50 : 2µL
** DNA : 2µL
** DNA : 2µL
** Phusion : 0.25µL
** Phusion : 0.25µL
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** Buffer phusion : 10µL
** Buffer phusion : 10µL
** dNTP : 1µL
** dNTP : 1µL
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** Oligo ... : 2µL
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** Oligo 45 : 2µL
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** Oligo ... : 2µL
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** Oligo 46 : 2µL
** DNA : 2µL
** DNA : 2µL
** Phusion : 0.25µL
** Phusion : 0.25µL
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Expected sizes :  
Expected sizes :  
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* NarK :
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* NarK : 500bp
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* NarG :  
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* NarG : 500bp
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* NirB : 500bp
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** Buffer phusion : 10µL
** Buffer phusion : 10µL
** dNTP : 1µL
** dNTP : 1µL
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** Oligo ... : 2µL
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** Oligo 47 : 2µL
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** Oligo ... : 2µL
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** Oligo 48 : 2µL
** DNA : 2µL
** DNA : 2µL
** Phusion : 0.25µL
** Phusion : 0.25µL
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** Buffer phusion : 10µL
** Buffer phusion : 10µL
** dNTP : 1µL
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** Oligo ... : 2µL
+
** Oligo 49 : 2µL
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** Oligo ... : 2µL
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** Oligo 50 : 2µL
** DNA : 2µL
** DNA : 2µL
** Phusion : 0.25µL
** Phusion : 0.25µL
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** Buffer phusion : 10µL
** Buffer phusion : 10µL
** dNTP : 1µL
** dNTP : 1µL
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** Oligo ... : 2µL
+
** Oligo 45 : 2µL
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** Oligo ... : 2µL
+
** Oligo 46 : 2µL
** DNA : 2µL
** DNA : 2µL
** Phusion : 0.25µL
** Phusion : 0.25µL
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===='''Objective : obtaining BBa_K1155002'''====
===='''Objective : obtaining BBa_K1155002'''====
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===='''1 - Ligation of BphA1 in PSB1C3'''====
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===='''1 - Ligation of BphA1 in pSB1C3'''====
Anaïs, Zhou
Anaïs, Zhou
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Used quantities :  
Used quantities :  
* BphA1 : 2µL
* BphA1 : 2µL
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* PSB1C3 : 3µL
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* pSB1C3 : 3µL
* Buffer ligase : 1µL  
* Buffer ligase : 1µL  
* Ligase : 1µL
* Ligase : 1µL

Latest revision as of 00:23, 5 October 2013

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Contents

Notebook : July 25

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : obtaining BBa_K1155003, BBa_K1155007

1 - Gel purification of Term

Xavier, Zhou

Protocol : [http://www.mn-net.com/tabid/1452/default.aspx Gel purification ]

2 - Electrophoresis to check the gel purification of Term

Abdou, Anaïs

Psgel2507.jpg
  • Well 1 : 6µL of DNA 6X loading dye
  • Well 2 and 3 : 5µL of Term+1µL of 6X loading dye
  • Gel : 1%

The gel purification was good. We will ligate it.

3 - PCR of BBa_K592209 with RBS-Amil CP primer and suffix : pSB1C3

Xavier

We have designed our RBS primer thanks to BBa_B0034.

Used quantities :

  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo RBS-Amil CP : 2µL
  • Oligo suffix pSB1C3 : 2µL
  • DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

PCR program :

PsPCRAmilCP2507.jpg

4 - Digestion of Colony PCR products : RBS-Amil CP by EcoRI/SpeI

Anaïs

Used quantities :

  • RBS-Amil CP : 10µL
  • Buffer FD : 3µL
  • EcoRI FD : 1.5µL
  • SpeI FD : 1.5µL
  • H2O : 14µL

We let the digestion 1h30 at 37°C.

Objective : obtaining BBa_K1155004, BBa_K1155005, BBa_K1155006

1 - PCR of NarK, NarG, NirB

Abdou, Xavier, Zhou

Used quantities :

  • NarK :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo 47 : 2µL
    • Oligo 48 : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL
  • NarG :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo 49 : 2µL
    • Oligo 50 : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL
  • NirB :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo 45 : 2µL
    • Oligo 46 : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL

PCR Program :

PsPCR2507.jpg

2 - Electrophoresis to check the colony PCR of NarK, NarG, NirB

Zhou

Psgel12507.jpg
  • Well 1 and 2 : 5µL of NarK+1µL of 6X loading dye
  • Well 3 and 4 : 5µL of NarG+1µL of 6X loading dye
  • Well 5 and 6 : 5µL of NirB+1µL of 6X loading dye
  • Well 9 : 6µL of DNA 6X loading dye
  • Gel : 1%

Expected sizes :

  • NarK : 500bp
  • NarG : 500bp
  • NirB : 500bp

We can't see anything. We lost our Colony PCR products. We will do the Colony PCR again.

3 - Colony PCR of NarK, NarG, NirB

Abdou, Xavier

Used quantities :

  • NarK :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo 47 : 2µL
    • Oligo 48 : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL
  • NarG :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo 49 : 2µL
    • Oligo 50 : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL
  • NirB :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo 45 : 2µL
    • Oligo 46 : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL

PCR Program :

PsPCR2507.jpg

B - PCB sensor system

Objective : obtaining BBa_K1155002

1 - Ligation of BphA1 in pSB1C3

Anaïs, Zhou

Used quantities :

  • BphA1 : 2µL
  • pSB1C3 : 3µL
  • Buffer ligase : 1µL
  • Ligase : 1µL
  • H2O : 3µL


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