Team:Paris Saclay/Notebook/July/25

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(→3 - PCR of BBa_K592209 with RBS-Amil CP primer and suffix : PSB1C3)
(→1 - Colony PCR of NarK, NarG, NirB)
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Abdou, Xavier, Zhou
Abdou, Xavier, Zhou

Revision as of 20:11, 3 October 2013

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Contents

Notebook : July 25

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : obtaining BBa_K1155003, BBa_K1155007

1 - Gel purification of Term

Xavier, Zhou

Protocol : [http://www.mn-net.com/tabid/1452/default.aspx Gel purification ]

2 - Electrophoresis to check the gel purification of Term

Abdou, Anaïs

[[]]
  • Well 1 : 6µL of DNA 6X loading dye
  • Well 2 and 3 : 5µL of Term+1µL of 6X loading dye
  • Gel : 1%

Expected sizes :

  • Term :

The gel purification was good. We will ligate it.

3 - PCR of BBa_K592209 with RBS-Amil CP primer and suffix : PSB1C3

Xavier

We have designed our RBS primer thanks to BBa_B0034.

Used quantities :

  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo RBS-Amil CP : 2µL
  • Oligo suffix PSB1C3 : 2µL
  • DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

PCR program :

PsPCRAmilCP2507.jpg

4 - Digestion of Colony PCR products : RBS-Amil CP by EcoRI/SpeI

Anaïs

Used quantities :

  • RBS-Amil CP : 10µL
  • Buffer FD : 3µL
  • EcoRI FD : 1.5µL
  • SpeI FD : 1.5µL
  • H2O : 14µL

We let the digestion 1h30 at 37°C.

Objective : obtaining BBa_K1155004, BBa_K1155005, BBa_K1155006

1 - PCR of NarK, NarG, NirB

Abdou, Xavier, Zhou

Used quantities :

  • NarK :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo ... : 2µL
    • Oligo ... : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL
  • NarG :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo ... : 2µL
    • Oligo ... : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL
  • NirB :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo ... : 2µL
    • Oligo ... : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL

PCR Program :

PsPCR2507.jpg

2 - Electrophoresis to check the colony PCR of NarK, NarG, NirB

Zhou

Psgel12507.jpg
  • Well 1 and 2 : 5µL of NarK+1µL of 6X loading dye
  • Well 3 and 4 : 5µL of NarG+1µL of 6X loading dye
  • Well 5 and 6 : 5µL of NirB+1µL of 6X loading dye
  • Well 9 : 6µL of DNA 6X loading dye
  • Gel : 1%

Expected sizes :

  • NarK :
  • NarG :
  • NirB :

We can't see anything. We lost our Colony PCR products. We will do the Colony PCR again.

3 - Colony PCR of NarK, NarG, NirB

Abdou, Xavier

Used quantities :

  • NarK :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo ... : 2µL
    • Oligo ... : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL
  • NarG :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo ... : 2µL
    • Oligo ... : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL
  • NirB :
    • Buffer phusion : 10µL
    • dNTP : 1µL
    • Oligo ... : 2µL
    • Oligo ... : 2µL
    • DNA : 2µL
    • Phusion : 0.25µL

PCR Program :

PsPCR2507.jpg

B - PCB sensor system

Objective : obtaining BBa_K1155002

1 - Ligation of BphA1 in PSB1C3

Anaïs, Zhou

Used quantities :

  • BphA1 : 2µL
  • PSB1C3 : 3µL
  • Buffer ligase : 1µL
  • Ligase : 1µL
  • H2O : 3µL


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