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Team:Evry/Model2/vf
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<li>L'absorption naturel du fer par la bactérie est négligeable par rapport à la chélation du fait de la surproduction des sidérophores. | <li>L'absorption naturel du fer par la bactérie est négligeable par rapport à la chélation du fait de la surproduction des sidérophores. | ||
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Pour le répresseur, si la quantité de fer est inférieur au seuil, la bactérie est en famine; il n'y a donc pas de répression. | Pour le répresseur, si la quantité de fer est inférieur au seuil, la bactérie est en famine; il n'y a donc pas de répression. | ||
La production dans ce cas est modélisé par une exponentielle négative. | La production dans ce cas est modélisé par une exponentielle négative. | ||
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Le choix de la fonction exponentielle est arbitraire. | Le choix de la fonction exponentielle est arbitraire. | ||
| - | Du fait du comportement stochastique des | + | Du fait du comportement stochastique des bactéries au sein de la population, nous avons ajouté un bruit gaussien au seuil. |
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<h3>Sidérophore</h3> | <h3>Sidérophore</h3> | ||
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Et un sidérophore ne peut chélater qu'un seul atome de fer.</p> | Et un sidérophore ne peut chélater qu'un seul atome de fer.</p> | ||
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| - | Nous avons | + | Nous avons simulé la probabilité de rencontre par une probabilité uniforme entre 0 et 1. |
Si la probabilité de rencontre est plus faible que le rapport entre la quantité de fer dans l'environnement et la quantité de fer optimale pour la chélation, les sidérophores peuvent chélater le fer. | Si la probabilité de rencontre est plus faible que le rapport entre la quantité de fer dans l'environnement et la quantité de fer optimale pour la chélation, les sidérophores peuvent chélater le fer. | ||
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Revision as of 00:04, 5 October 2013
Modèle 2
Aperçu
Ce modèle se place à l'échelle d'une bactérie. Nous considérons l'activité de chaque bactérie. L’environnement est le duodenum. La bactérie produit des sidérophores qui chélatent le fer. Le fer arrive dans l'environnement par impulsion chaque seconde. L'impulsion est constante. Le fer est réduit par l'organisme et l'absorption bactérienne. D'après nos hypothèses, il n'y a pas d'auto-régulation du fer. Et les variations de fer absorbé est proportionnel à la quantité de fer.
Hypothèses
- La durée d'étude du modèle est de 40 secondes. C'est le temps recquis pour le chyme pour traverser le duodénum.
- La quantité de bactérie est constante du fait que l'échelle de temps très courte.
- L'absorption naturel du fer par la bactérie est négligeable par rapport à la chélation du fait de la surproduction des sidérophores.
Description du Modèle
Bactérie
Une bactérie produit des sidérophores. Cette production est naturellement régulé par un répresseur et surexprimé par un activateur :
- Les activateurs:
- Le répresseur:
Sidérophore
Dans cette approche, nous considérons qu'une mole de sidérophore chélate une mole de fer. Et un sidérophore ne peut chélater qu'un seul atome de fer.
Nous avons simulé la probabilité de rencontre par une probabilité uniforme entre 0 et 1. Si la probabilité de rencontre est plus faible que le rapport entre la quantité de fer dans l'environnement et la quantité de fer optimale pour la chélation, les sidérophores peuvent chélater le fer.
Resultats
Conclusion
Références:
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