Au début de notre projet, nous avons cherché à permettre la chélation du fer dans le duodénum en utilisant des bactéries passeraient via le duodénum et produiraient des sidérophores . C'est pourquoi nous avons voulu prédire la quantité minimale de sidérophores produits suffisante pour réduire l'absorption intestinale du fer. Nous avons d'abord eu à l'esprit une stratégie dynamique proche d'une chasse d'eau (flush), c'est à dire que nous avons privilégié une approche où les bactéries pourraient commencer leur détection de fer et la production de sidérophores avant d'entrer dans le duodénum. Ce modèle qualitatif de traitement «Flush» nous a montré qu'il est théoriquement possible de réduire significativement l'absorption en fer du patient..

Les conclusions ont été prometteuses, encourageantes et rassurantes sur notre stratégie. Par conséquent, nous avons étudié en détail le délai dans la production de sidérophores pour une population bactérienne donnée par un modèle de production d’entérobactine. Cette enquête nous a donné plus de détails sur le temps de production. Malheureusement, les conclusions sont en contradiction avec le modèle qualitatif car le délai est trop important pour être compatible avec une stratégie « Flush ». Ce constat a grandement influencé la partie biologique, en particulier la conception de la gélule . En effet l'absorption du fer est divisée entre le duodénum (60%) et le jéjunum (40%), nous avons donc décidé de retenir les bactéries dans le duodénum et la zone proximale du jéjunum.

Nous voulions aussi savoir combien de sidérophores pouvait être produit et comment nous pourrions améliorer cette technique. Nous avons répondu à cette question grâce à un modèle à l'échelle du génome, en utilisant une approche d'analyse de la balance des flux. Nous avons étudié quels étaient les métabolites de limitation et comment nous pourrions améliorer notre gélule..

Comme partie finale de modélisation, nous voulions savoir si notre deuxième stratégie de traitement était viable. Nous avons construis un modèle qui pose le même type de questions que le modèle de traitement « flush ». Les hypothèses sont également les mêmes, mais la méthode est vraiment différente: nous avons utilisé une approche d’automate cellulaire. Ce modèle nous a montré que la nouvelle stratégie peut encore réduire de manière significative l'absorption en fer chez les patients ayant une absorption en fer.