Notebook : August 1

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system / B - PCB sensing system

Objective : obtaining FNR and BphR2 proteins

1 - Gel purification of PCR products : BphR2 Part I, BphR2 Part II, FNR Part I, FNR Part II, RBS-FNR Part I in plasmid pSB1C3

Xavier

Protocol : Gel purification

Nanodrop :

• BphR2 Part I : 44 ng/µL
• BphR2 Part II : 64 ng/µL
• FNR Part I : 147 ng/µL
• FNR Part II : 140 ng/µL
• RBS-FNR Part I : 167 ng/µL
• PSB1C3 : 159 ng/µL

2 - Gibson assembly.

Abdou, Xiaojing

Used quantities :

• BphR2 :
  • Gibson PCR of pSB1C3 : 2µL
  • BphR2 Part I : 1µL
  • BphR2 Part II : 1µL
  • Gibson mix : 15µL
  • H2O : 1µL

• FNR :
  • Gibson PCR of pSB1C3 : 2µL
  • FNR Part I : 1µL
  • FNR Part II : 1µL
  • Gisbon mix : 15µL
  • H2O : 1µL

• RBS-FNR :
  • Gibson PCR of pSB1C3: 2µL
  • RBS-FNR Part I : 1µL
  • FNR Part II : 1µL
  • Gibson mix : 15µL
  • H2O : 1µL

We incubated these Gibson assembly mixes at 50°C during 1h inside PCR machine.

3 - PCR of RBS-BphR2 Part I

Abdou

Used quantities :

• • Oligo 54F : 1µL
  • Oligo 55R : 1µL
  • Buffer phusion : 5µL
  • DNA (P. pseudoalcaligenes KF 707 genomic DNA) : 0.25µL
  • dNTP 10mM : 1µL
  • Enzyme Phusion : 5µL
  • H2O : 36.5µL

PCR Program :

3 - Electrophoresis of the PCR products : RBS-BphR2 Part I

Xavier, XiaoJing

Well 1 : 6µL of DNA Ladder Well 2 : 5µL of RBS-BphR2 Part I + 1µl of 6X loading dye Gel : 0.8%

Expected sizes :

• RBS-BphR2 Part I : 197pb