Contents 1 Notebook : July 25 1.1 Lab work 1.1.1 A - Aerobic/Anaerobic regulation system 1.1.1.1 Objective : obtaining BBa_K1155003, BBa_K1155007 1.1.1.2 1 - Gel purification of Term 1.1.1.3 2 - Electrophoresis to check the gel purification of Term 1.1.1.4 3 - PCR of BBa_K592209 with RBS-Amil CP primer and suffix : pSB1C3 1.1.1.5 4 - Digestion of Colony PCR products : RBS-Amil CP by EcoRI/SpeI 1.1.1.6 Objective : obtaining BBa_K1155004, BBa_K1155005, BBa_K1155006 1.1.1.7 1 - PCR of NarK, NarG, NirB 1.1.1.8 2 - Electrophoresis to check the colony PCR of NarK, NarG, NirB 1.1.1.9 3 - Colony PCR of NarK, NarG, NirB 1.1.2 B - PCB sensor system 1.1.2.1 Objective : obtaining BBa_K1155002 1.1.2.2 1 - Ligation of BphA1 in pSB1C3

Notebook : July 25

Lab work

A - Aerobic/Anaerobic regulation system

Objective : obtaining BBa_K1155003, BBa_K1155007

1 - Gel purification of Term

Xavier, Zhou

Protocol : Gel purification

2 - Electrophoresis to check the gel purification of Term

Abdou, Anaïs

[[]]	Well 1 : 6µL of DNA 6X loading dye Well 2 and 3 : 5µL of Term+1µL of 6X loading dye Gel : 1%

Expected sizes :

• Term :

The gel purification was good. We will ligate it.

3 - PCR of BBa_K592209 with RBS-Amil CP primer and suffix : pSB1C3

Xavier

We have designed our RBS primer thanks to BBa_B0034.

Used quantities :

• Buffer phusion : 10µL
• dNTP : 1µL
• Oligo RBS-Amil CP : 2µL
• Oligo suffix pSB1C3 : 2µL
• DNA : 2µL
• Phusion : 0.25µL

PCR program :

4 - Digestion of Colony PCR products : RBS-Amil CP by EcoRI/SpeI

Anaïs

Used quantities :

• RBS-Amil CP : 10µL
• Buffer FD : 3µL
• EcoRI FD : 1.5µL
• SpeI FD : 1.5µL
• H2O : 14µL

We let the digestion 1h30 at 37°C.

Objective : obtaining BBa_K1155004, BBa_K1155005, BBa_K1155006

1 - PCR of NarK, NarG, NirB

Abdou, Xavier, Zhou

Used quantities :

• NarK :
  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo 47 : 2µL
  • Oligo 48 : 2µL
  • DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

• NarG :
  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo 49 : 2µL
  • Oligo 50 : 2µL
  • DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

• NirB :
  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo 45 : 2µL
  • Oligo 46 : 2µL
  • DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

PCR Program :

2 - Electrophoresis to check the colony PCR of NarK, NarG, NirB

Zhou

Well 1 and 2 : 5µL of NarK+1µL of 6X loading dye Well 3 and 4 : 5µL of NarG+1µL of 6X loading dye Well 5 and 6 : 5µL of NirB+1µL of 6X loading dye Well 9 : 6µL of DNA 6X loading dye Gel : 1%

Expected sizes :

• NarK : 500bp
• NarG : 500bp
• NirB : 500bp

We can't see anything. We lost our Colony PCR products. We will do the Colony PCR again.

3 - Colony PCR of NarK, NarG, NirB

Abdou, Xavier

Used quantities :

• NarK :
  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo 47 : 2µL
  • Oligo 48 : 2µL
  • DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

• NarG :
  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo 49 : 2µL
  • Oligo 50 : 2µL
  • DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

• NirB :
  • Buffer phusion : 10µL
  • dNTP : 1µL
  • Oligo 45 : 2µL
  • Oligo 46 : 2µL
  • DNA : 2µL
  • Phusion : 0.25µL

PCR Program :

B - PCB sensor system

Objective : obtaining BBa_K1155002

1 - Ligation of BphA1 in pSB1C3

Anaïs, Zhou

Used quantities :

• BphA1 : 2µL
• pSB1C3 : 3µL
• Buffer ligase : 1µL
• Ligase : 1µL
• H2O : 3µL

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