Notebook : July 9

Lab work

Objective : obtaining biobricks in pSB3K3

1 - Transformation of BBa_J04450 in DH5α

Anaïs

Protocol : Bacterial transformation

B - PCB sensor system

Objective : obtaining BBa_K1155001, BBa_K1155002 and BphR2 protein

1 - PCR purification of BphR1, BphR2 and BphA1

Zhou

We did a PCR amplification for BphR1, BphR2 and BphA1 genes from strain Pseudomonas pseudoalcaligenes. Products were good and purified following the protocol.

Protocol : Gel purification

2 - Digestion PCR products : BphR2, BphR1, BphA1 and digestion of pSB1C3

Abdou, Anaïs

Used quantities :

• BphA1 :
  • DNA : 8µL
  • Buffer FD : 1.6µL
  • EcoRI FD : 1µL
  • PstI FD : 1µL
  • H2O : 4.4µL

• BphR1, BphR2 :
  • DNA : 15µL
  • Buffer FD : 3µL
  • EcoRI FD : 0.75µL
  • PstI FD : 0.75µL
  • H2O : 10.5µL

• pSB1C3 :
  • pSB1C3 : 4µL
  • Buffer orange : 0.8µL
  • EcoRI : 0.5µL
  • PstI : 0.5µL
  • H2O : 2.2µL

We let our digestion 1h30 at 37°C.

3 - Inactivation of EcoRI/PstI used for the digestion of PCR products : BphR1, BphR2, BphA1 and pSB1C3

Anaïs, Sheng

Protocol : Ethanol precipitation

Nanodrop :

• BphA1 : 108.3ng/µL
• BphR1 : 97.9ng/µL
• BphR2 : 24.2ng/µL
• pSB1C3 : 36.1ng/µL

4 - Ligation of BphA1, BphR1, BphR2 and pSB1C3

Zhou

Used quantities :

• pSB1C3 : 2µL
• DNA : 2µL
• Buffer ligase : 2µL
• Ligase : 1µL
• H2O : 13µL

Human Practices

We made the thrid meeting about open source : Open Source Reflexion